FIX: Removes unused functions and imports.

Author: David Ellis

nipype/workflows/smri/freesurfer/autorecon1.py

@@ -1,10 +1,7 @@
-import sys
-import os
-import nipype
 from nipype.interfaces.utility import Function,IdentityInterface
 import nipype.pipeline.engine as pe  # pypeline engine
 from nipype.interfaces.freesurfer import *
-from .utils import copy_file, copy_files
+from .utils import copy_file
 
 
 def checkT1s(T1_files, cw256=False):

nipype/workflows/smri/freesurfer/autorecon2.py

@@ -1,5 +1,3 @@
-import os
-import nipype
 from nipype.interfaces.utility import Function, IdentityInterface, Merge
 import nipype.pipeline.engine as pe  # pypeline engine
 from nipype.interfaces.freesurfer import *

nipype/workflows/smri/freesurfer/autorecon3.py

@@ -1,10 +1,7 @@
-import os
-import nipype
-from nipype.interfaces.utility import Function, IdentityInterface, Merge
+from nipype.interfaces.utility import IdentityInterface, Merge
 import nipype.pipeline.engine as pe  # pypeline engine
 from nipype.interfaces.freesurfer import *
 from .ba_maps import create_ba_maps_wf
-from .utils import createsrcsubj
 from nipype.interfaces.io import DataGrabber
 
 def create_AutoRecon3(name="AutoRecon3", qcache=False, plugin_args=None,

nipype/workflows/smri/freesurfer/utils.py

@@ -492,167 +492,3 @@ def checkenv(exitonfail=False):
         sys.exit(2)
     else:
         print("Warning: " + msg)
-
-
-def create_recoding_wf(in_file, out_file=None):
-    wf = nipype.Workflow(name="RecodeLabels")
-
-    inputspec = nipype.pipeline.Node(nipype.IdentityInterface(['labelmap',
-                                                               'recode_file']),
-                                     name="inputspec")
-    inputspec.inputs.recode_file = in_file
-
-    convert_labelmap = nipype.pipeline.Node(fs.MRIConvert(), name="ConvertLabelMap")
-    convert_labelmap.inputs.in_type = 'mgz'
-    convert_labelmap.inputs.out_type = 'nii'
-    convert_labelmap.inputs.out_orientation = 'RAS'
-    convert_labelmap.inputs.out_file = 'labelmap.nii'
-    wf.connect([(inputspec, convert_labelmap, [('labelmap', 'in_file')])])
-
-    recode = nipype.Node(nipype.Function(['in_file',
-                                          'out_file',
-                                          'recode_file'],
-                                         ['out_file'],
-                                         recodeLabelMap),
-                         name = "RecodeLabelMap")
-    if out_file == None:
-        recode.inputs.out_file = 'recodedlabelmap.nii'
-    else:
-        recode.inputs.out_file = out_file
-
-    wf.connect([(convert_labelmap, recode, [('out_file', 'in_file')]),
-                (inputspec, recode, [('recode_file', 'recode_file')])])
-
-    center_labelmap = nipype.Node(nipype.Function(['in_file'], ['out_file'],
-                                                  center_volume),
-                                  name="CenterLabelMap")
-
-    wf.connect([(recode, center_labelmap, [('out_file', 'in_file')])])
-
-    outputspec = nipype.Node(nipype.IdentityInterface(['recodedlabelmap']), name="outputspec")
-
-    wf.connect([(center_labelmap, outputspec, [('out_file', 'recodedlabelmap')])])
-    return wf
-
-def createsrcsubj(source_directory):
-    """
-    Returns a node that acts as the datasource for a source subject such as
-    'fsaverage'
-    """
-    outfields = ['lh_BA1_exvivo',
-                 'lh_BA2_exvivo',
-                 'lh_BA3a_exvivo',
-                 'lh_BA3b_exvivo',
-                 'lh_BA4a_exvivo',
-                 'lh_BA4p_exvivo',
-                 'lh_BA6_exvivo',
-                 'lh_BA44_exvivo',
-                 'lh_BA45_exvivo',
-                 'lh_V1_exvivo',
-                 'lh_V2_exvivo',
-                 'lh_MT_exvivo',
-                 'lh_entorhinal_exvivo',
-                 'lh_perirhinal_exvivo',
-                 'lh_BA1_exvivo_thresh',
-                 'lh_BA2_exvivo_thresh',
-                 'lh_BA3a_exvivo_thresh',
-                 'lh_BA3b_exvivo_thresh',
-                 'lh_BA4a_exvivo_thresh',
-                 'lh_BA4p_exvivo_thresh',
-                 'lh_BA6_exvivo_thresh',
-                 'lh_BA44_exvivo_thresh',
-                 'lh_BA45_exvivo_thresh',
-                 'lh_V1_exvivo_thresh',
-                 'lh_V2_exvivo_thresh',
-                 'lh_MT_exvivo_thresh',
-                 'lh_entorhinal_exvivo_thresh',
-                 'lh_perirhinal_exvivo_thresh',
-                 'rh_BA1_exvivo',
-                 'rh_BA2_exvivo',
-                 'rh_BA3a_exvivo',
-                 'rh_BA3b_exvivo',
-                 'rh_BA4a_exvivo',
-                 'rh_BA4p_exvivo',
-                 'rh_BA6_exvivo',
-                 'rh_BA44_exvivo',
-                 'rh_BA45_exvivo',
-                 'rh_V1_exvivo',
-                 'rh_V2_exvivo',
-                 'rh_MT_exvivo',
-                 'rh_entorhinal_exvivo',
-                 'rh_perirhinal_exvivo',
-                 'rh_BA1_exvivo_thresh',
-                 'rh_BA2_exvivo_thresh',
-                 'rh_BA3a_exvivo_thresh',
-                 'rh_BA3b_exvivo_thresh',
-                 'rh_BA4a_exvivo_thresh',
-                 'rh_BA4p_exvivo_thresh',
-                 'rh_BA6_exvivo_thresh',
-                 'rh_BA44_exvivo_thresh',
-                 'rh_BA45_exvivo_thresh',
-                 'rh_V1_exvivo_thresh',
-                 'rh_V2_exvivo_thresh',
-                 'rh_MT_exvivo_thresh',
-                 'rh_entorhinal_exvivo_thresh',
-                 'rh_perirhinal_exvivo_thresh']
-    datasource = pe.Node(nio.nio.DataGrabber(outfields=outfields), name="Source_Subject")
-    datasource.inputs.base_directory = source_directory
-    datasource.inputs.template = '*'
-    datasource.inputs.field_template = dict(
-        lh_BA1_exvivo='label/lh.BA1_exvivo.label',
-        lh_BA2_exvivo='label/lh.BA2_exvivo.label',
-        lh_BA3a_exvivo='label/lh.BA3a_exvivo.label',
-        lh_BA3b_exvivo='label/lh.BA3b_exvivo.label',
-        lh_BA4a_exvivo='label/lh.BA4a_exvivo.label',
-        lh_BA4p_exvivo='label/lh.BA4p_exvivo.label',
-        lh_BA6_exvivo='label/lh.BA6_exvivo.label',
-        lh_BA44_exvivo='label/lh.BA44_exvivo.label',
-        lh_BA45_exvivo='label/lh.BA45_exvivo.label',
-        lh_V1_exvivo='label/lh.V1_exvivo.label',
-        lh_V2_exvivo='label/lh.V2_exvivo.label',
-        lh_MT_exvivo='label/lh.MT_exvivo.label',
-        lh_entorhinal_exvivo='label/lh.entorhinal_exvivo.label',
-        lh_perirhinal_exvivo='label/lh.perirhinal_exvivo.label',
-        lh_BA1_exvivo_thresh='label/lh.BA1_exvivo.thresh.label',
-        lh_BA2_exvivo_thresh='label/lh.BA2_exvivo.thresh.label',
-        lh_BA3a_exvivo_thresh='label/lh.BA3a_exvivo.thresh.label',
-        lh_BA3b_exvivo_thresh='label/lh.BA3b_exvivo.thresh.label',
-        lh_BA4a_exvivo_thresh='label/lh.BA4a_exvivo.thresh.label',
-        lh_BA4p_exvivo_thresh='label/lh.BA4p_exvivo.thresh.label',
-        lh_BA6_exvivo_thresh='label/lh.BA6_exvivo.thresh.label',
-        lh_BA44_exvivo_thresh='label/lh.BA44_exvivo.thresh.label',
-        lh_BA45_exvivo_thresh='label/lh.BA45_exvivo.thresh.label',
-        lh_V1_exvivo_thresh='label/lh.V1_exvivo.thresh.label',
-        lh_V2_exvivo_thresh='label/lh.V2_exvivo.thresh.label',
-        lh_MT_exvivo_thresh='label/lh.MT_exvivo.thresh.label',
-        lh_entorhinal_exvivo_thresh='label/lh.entorhinal_exvivo.thresh.label',
-        lh_perirhinal_exvivo_thresh='label/lh.perirhinal_exvivo.thresh.label',
-        rh_BA1_exvivo='label/rh.BA1_exvivo.label',
-        rh_BA2_exvivo='label/rh.BA2_exvivo.label',
-        rh_BA3a_exvivo='label/rh.BA3a_exvivo.label',
-        rh_BA3b_exvivo='label/rh.BA3b_exvivo.label',
-        rh_BA4a_exvivo='label/rh.BA4a_exvivo.label',
-        rh_BA4p_exvivo='label/rh.BA4p_exvivo.label',
-        rh_BA6_exvivo='label/rh.BA6_exvivo.label',
-        rh_BA44_exvivo='label/rh.BA44_exvivo.label',
-        rh_BA45_exvivo='label/rh.BA45_exvivo.label',
-        rh_V1_exvivo='label/rh.V1_exvivo.label',
-        rh_V2_exvivo='label/rh.V2_exvivo.label',
-        rh_MT_exvivo='label/rh.MT_exvivo.label',
-        rh_entorhinal_exvivo='label/rh.entorhinal_exvivo.label',
-        rh_perirhinal_exvivo='label/rh.perirhinal_exvivo.label',
-        rh_BA1_exvivo_thresh='label/rh.BA1_exvivo.thresh.label',
-        rh_BA2_exvivo_thresh='label/rh.BA2_exvivo.thresh.label',
-        rh_BA3a_exvivo_thresh='label/rh.BA3a_exvivo.thresh.label',
-        rh_BA3b_exvivo_thresh='label/rh.BA3b_exvivo.thresh.label',
-        rh_BA4a_exvivo_thresh='label/rh.BA4a_exvivo.thresh.label',
-        rh_BA4p_exvivo_thresh='label/rh.BA4p_exvivo.thresh.label',
-        rh_BA6_exvivo_thresh='label/rh.BA6_exvivo.thresh.label',
-        rh_BA44_exvivo_thresh='label/rh.BA44_exvivo.thresh.label',
-        rh_BA45_exvivo_thresh='label/rh.BA45_exvivo.thresh.label',
-        rh_V1_exvivo_thresh='label/rh.V1_exvivo.thresh.label',
-        rh_V2_exvivo_thresh='label/rh.V2_exvivo.thresh.label',
-        rh_MT_exvivo_thresh='label/rh.MT_exvivo.thresh.label',
-        rh_entorhinal_exvivo_thresh='label/rh.entorhinal_exvivo.thresh.label',
-        rh_perirhinal_exvivo_thresh='label/rh.perirhinal_exvivo.thresh.label')
-    return datasource, outfields