Не нашёл такой возможности.
Для сценария, когда конфигурация разрабатывается на базе типовой конфигурации, типовая указана как библиотечная и периодически обновляется. Нужно перед запуском тестирования проверяемой конфигурации проверить библиотечную и отметить все её ошибки как особенности. Хотелось бы добавить параметр, с которым можно выполнить проверку библиотечной конфигурации