Merge pull request #35 from psnairne/pn/stress-test

Pn/stress test

Author: psnairne

src/hgvs/hgvs_client.rs

@@ -26,7 +26,7 @@ pub struct HGVSClient {
 
 impl Default for HGVSClient {
     fn default() -> Self {
-        let rate_limiter = Ratelimiter::builder(2, Duration::from_secs(1))
+        let rate_limiter = Ratelimiter::builder(2, Duration::from_millis(1180))
             .max_tokens(2)
             .build()
             .expect("Building rate limiter failed");

tests/hgnc_stress_test.rs

@@ -0,0 +1,356 @@
+use pivot::hgnc::{GeneQuery, HGNCClient, HGNCData};
+use rstest::{fixture, rstest};
+
+#[macro_export]
+macro_rules! skip_in_ci {
+    ($test_name:expr) => {
+        if std::env::var("CI").is_ok() {
+            println!("Skipping {} in CI environment", $test_name);
+            return;
+        }
+    };
+    () => {
+        if std::env::var("CI").is_ok() {
+            println!("Skipping {} in CI environment", module_path!());
+            return;
+        }
+    };
+}
+
+// found here: https://www.genenames.org/download/statistics-and-files/
+// 319 genes
+#[fixture]
+fn genes() -> String {
+    "A1BG
+A1CF
+A2M
+A2ML1
+A3GALT2
+A4GALT
+A4GNT
+AAAS
+AACS
+AADAC
+AADACL2
+AADACL3
+AADACL4
+AADAT
+AAGAB
+AAK1
+AAMDC
+AAMP
+AANAT
+AAR2
+AARD
+AARS1
+AARS2
+AARSD1
+AASDH
+AASDHPPT
+AASS
+AATF
+AATK
+ABAT
+ABCA1
+ABCA2
+ABCA3
+ABCA4
+ABCA5
+ABCA6
+ABCA7
+ABCA8
+ABCA9
+ABCA10
+ABCA12
+ABCA13
+ABCB1
+ABCB4
+ABCB5
+ABCB6
+ABCB7
+ABCB8
+ABCB9
+ABCB10
+ABCB11
+ABCC1
+ABCC2
+ABCC3
+ABCC4
+ABCC5
+ABCC6
+ABCC8
+ABCC9
+ABCC10
+ABCC11
+ABCC12
+ABCD1
+ABCD2
+ABCD3
+ABCD4
+ABCE1
+ABCF1
+ABCF2
+ABCF3
+ABCG1
+ABCG2
+ABCG4
+ABCG5
+ABCG8
+ABHD1
+ABHD2
+ABHD3
+ABHD4
+ABHD5
+ABHD6
+ABHD8
+ABHD10
+ABHD11
+ABHD12
+ABHD12B
+ABHD13
+ABHD14A
+ABHD14B
+ABHD15
+ABHD16A
+ABHD16B
+ABHD17A
+ABHD17B
+ABHD17C
+ABHD18
+ABI1
+ABI2
+ABI3
+ABI3BP
+ABITRAM
+ABL1
+ABL2
+ABLIM1
+ABLIM2
+ABLIM3
+ABO
+ABR
+ABRA
+ABRACL
+ABRAXAS1
+ABRAXAS2
+ABT1
+ABTB1
+ABTB2
+ABTB3
+ACAA1
+ACAA2
+ACACA
+ACACB
+ACAD8
+ACAD9
+ACAD10
+ACAD11
+ACADL
+ACADM
+ACADS
+ACADSB
+ACADVL
+ACAN
+ACAP1
+ACAP2
+ACAP3
+ACAT1
+ACAT2
+ACBD3
+ACBD4
+ACBD5
+ACBD6
+ACBD7
+ACCS
+ACCSL
+ACD
+ACE
+ACE2
+ACER1
+ACER2
+ACER3
+ACHE
+ACIN1
+ACKR1
+ACKR2
+ACKR3
+ACKR4
+ACKR5
+ACLY
+ACMSD
+ACO1
+ACO2
+ACOD1
+ACOT1
+ACOT2
+ACOT4
+ACOT6
+ACOT7
+ACOT8
+ACOT9
+ACOT11
+ACOT12
+ACOT13
+ACOX1
+ACOX2
+ACOX3
+ACOXL
+ACP1
+ACP2
+ACP3
+ACP4
+ACP5
+ACP6
+ACP7
+ACR
+ACRBP
+ACRV1
+ACSBG1
+ACSBG2
+ACSF2
+ACSF3
+ACSL1
+ACSL3
+ACSL4
+ACSL5
+ACSL6
+ACSM1
+ACSM2A
+ACSM2B
+ACSM3
+ACSM4
+ACSM5
+ACSM6
+ACSS1
+ACSS2
+ACSS3
+ACTA1
+ACTA2
+ACTB
+ACTBL2
+ACTC1
+ACTG1
+ACTG2
+ACTL6A
+ACTL6B
+ACTL7A
+ACTL7B
+ACTL8
+ACTL9
+ACTL10
+ACTMAP
+ACTN1
+ACTN2
+ACTN3
+ACTN4
+ACTR1A
+ACTR1B
+ACTR2
+ACTR3
+ACTR3B
+ACTR3C
+ACTR5
+ACTR6
+ACTR8
+ACTR10
+ACTRT1
+ACTRT2
+ACTRT3
+ACVR1
+ACVR1B
+ACVR1C
+ACVR2A
+ACVR2B
+ACVRL1
+ACY1
+ACY3
+ACYP1
+ACYP2
+ADA
+ADA2
+ADAD1
+ADAD2
+ADAM2
+ADAM7
+ADAM8
+ADAM9
+ADAM10
+ADAM11
+ADAM12
+ADAM15
+ADAM17
+ADAM18
+ADAM19
+ADAM20
+ADAM21
+ADAM22
+ADAM23
+ADAM28
+ADAM29
+ADAM30
+ADAM32
+ADAM33
+ADAMDEC1
+ADAMTS1
+ADAMTS2
+ADAMTS3
+ADAMTS4
+ADAMTS5
+ADAMTS6
+ADAMTS7
+ADAMTS8
+ADAMTS9
+ADAMTS10
+ADAMTS12
+ADAMTS13
+ADAMTS14
+ADAMTS15
+ADAMTS16
+ADAMTS17
+ADAMTS18
+ADAMTS19
+ADAMTS20
+ADAMTSL1
+ADAMTSL2
+ADAMTSL3
+ADAMTSL4
+ADAMTSL5
+ADAP1
+ADAP2
+ADAR
+ADARB1
+ADARB2
+ADAT1
+ADAT2
+ADAT3
+ADCK1
+ADCK2
+ADCK5
+ADCY1
+ADCY2
+ADCY3
+ADCY4
+ADCY5
+ADCY6
+ADCY7
+ADCY8
+ADCY9
+ADCY10
+ADCYAP1
+ADCYAP1R1
+ADD1
+ADD2"
+        .to_string()
+}
+
+#[rstest]
+fn hgnc_stress_test(genes: String) {
+    skip_in_ci!();
+    let client = HGNCClient::default();
+    let gene_vec = genes.lines().collect::<Vec<&str>>();
+    for gene in gene_vec {
+        let query = GeneQuery::Symbol(gene);
+        let gene_doc = client.request_gene_data(query).unwrap();
+        assert_eq!(gene_doc.symbol.unwrap(), gene);
+    }
+}