diff --git a/test/test.pl b/test/test.pl index 46d2585c..e64e3991 100755 --- a/test/test.pl +++ b/test/test.pl @@ -646,7 +646,7 @@ run_test(\&test_vcf_plugin,$opts,in=>'setGT.3',out=>'setGT.3.4.out',cmd=>'+setGT --no-version',args=>'-- -t a -n c:"1|1"'); run_test(\&test_vcf_plugin,$opts,in=>'setGT.3',out=>'setGT.3.5.out',cmd=>'+setGT --no-version',args=>'-- -t a -n c:"m|M"'); run_test(\&test_vcf_plugin,$opts,in=>'setGT.3',out=>'setGT.3.6.out',cmd=>'+setGT --no-version',args=>'-- -t a -n c:0/1/1'); -run_test(\&test_vcf_plugin,$opts,in=>'setGT.3',out=>'setGT.3.7.out',cmd=>'+setGT --no-version',args=>q[-i 'GT="mis"' -- -t . -n c:././.]); +run_test(\&test_vcf_plugin,$opts,in=>'setGT.3',out=>'setGT.3.7.out',cmd=>'+setGT --no-version',args=>q[-i 'GT="mis"' -- -t . -nc:././.]); run_test(\&test_vcf_plugin,$opts,in=>'setGT.4',out=>'setGT.4.1.out',cmd=>'+setGT --no-version',args=>q[-- -t q -n . -e 'FMT/DP>90']); run_test(\&test_vcf_plugin,$opts,in=>'setGT.4',out=>'setGT.4.2.out',cmd=>'+setGT --no-version',args=>q[-- -t q -n . -e 'FMT/DP>100']); run_test(\&test_vcf_plugin,$opts,in=>'setGT.5',out=>'setGT.5.1.out',cmd=>'+setGT --no-version',args=>q[-- -t a -n X]);