Skip to content

Commit 7a463ba

Browse files
authored
Merge pull request #90 from sebi06/work_in_progress_0.9.1
Work in progress 0.10.0
2 parents 78f6efc + 935d302 commit 7a463ba

33 files changed

+1259
-1343
lines changed

.github/workflows/test_and_deploy.yml

Lines changed: 4 additions & 6 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -32,10 +32,10 @@ jobs:
3232
uses: actions/setup-python@v5
3333
with:
3434
python-version: ${{ matrix.python-version }}
35-
- name: Upload coverage reports to Codecov with GitHub Action
36-
uses: codecov/codecov-action@v4.2.0
37-
env:
38-
CODECOV_TOKEN: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}
35+
# - name: Upload coverage reports to Codecov with GitHub Action
36+
# uses: codecov/codecov-action@v4.2.0
37+
# env:
38+
# CODECOV_TOKEN: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}
3939

4040

4141
# note: if you need dependencies from conda, considering using
@@ -53,8 +53,6 @@ jobs:
5353
env:
5454
PLATFORM: ${{ matrix.platform }}
5555

56-
#- name: Coverage
57-
# uses: codecov/codecov-action@v4
5856
- name: Upload coverage reports to Codecov with GitHub Action
5957
uses: codecov/codecov-action@v4.2.0
6058
env:

.github/workflows/test_and_deploy_testpypi.yml

Lines changed: 8 additions & 9 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -24,18 +24,18 @@ jobs:
2424
strategy:
2525
matrix:
2626
platform: [ubuntu-latest, windows-latest]
27-
python-version: ['3.9', '3.10', '3.11', '3.12', '3.13', ]
27+
python-version: ['3.9', '3.10', '3.11', '3.12', '3.13']
2828

2929
steps:
3030
- uses: actions/checkout@v4
3131
- name: Set up Python ${{ matrix.python-version }}
3232
uses: actions/setup-python@v5
3333
with:
3434
python-version: ${{ matrix.python-version }}
35-
- name: Upload coverage reports to Codecov with GitHub Action
36-
uses: codecov/codecov-action@v4.2.0
37-
env:
38-
CODECOV_TOKEN: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}
35+
# - name: Upload coverage reports to Codecov with GitHub Action
36+
# uses: codecov/codecov-action@v4.2.0
37+
# env:
38+
# CODECOV_TOKEN: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}
3939

4040

4141
# note: if you need dependencies from conda, considering using
@@ -52,9 +52,7 @@ jobs:
5252
run: tox
5353
env:
5454
PLATFORM: ${{ matrix.platform }}
55-
56-
#- name: Coverage
57-
# uses: codecov/codecov-action@v4
55+
5856
- name: Upload coverage reports to Codecov with GitHub Action
5957
uses: codecov/codecov-action@v4.2.0
6058
env:
@@ -72,7 +70,8 @@ jobs:
7270
- name: Set up Python
7371
uses: actions/setup-python@v5
7472
with:
75-
python-version: "3.x"
73+
python-version: "3.13"
74+
allow-prereleases: true
7675
- name: Install pypa/build
7776
run: >-
7877
python -m

data/10x10.czi

12.1 MB
Binary file not shown.
Lines changed: 31 additions & 31 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,31 +1,31 @@
1-
;Subblock;T;Z;C;X[micron];Y[micron];Z[micron];Time[s];xstart;ystart;width;height;Scene
2-
0;0;0;0;0;16977.153;18621.489;1114.49;0.0;0;0;240;170;0.0
3-
1;1;0;1;0;16977.153;18621.489;1114.81;0.894;0;0;240;170;0.0
4-
2;2;0;2;0;16977.153;18621.489;1115.13;1.792;0;0;240;170;0.0
5-
3;3;0;3;0;16977.153;18621.489;1115.45;2.681;0;0;240;170;0.0
6-
4;4;0;4;0;16977.153;18621.489;1115.77;3.586;0;0;240;170;0.0
7-
5;5;0;0;1;16977.153;18621.489;1114.49;0.328;0;0;240;170;0.0
8-
6;6;0;1;1;16977.153;18621.489;1114.81;1.22;0;0;240;170;0.0
9-
7;7;0;2;1;16977.153;18621.489;1115.13;2.117;0;0;240;170;0.0
10-
8;8;0;3;1;16977.153;18621.489;1115.45;3.007;0;0;240;170;0.0
11-
9;9;0;4;1;16977.153;18621.489;1115.77;3.941;0;0;240;170;0.0
12-
10;10;1;0;0;16977.153;18621.489;1114.49;60.025;0;0;240;170;0.0
13-
11;11;1;1;0;16977.153;18621.489;1114.81;60.916;0;0;240;170;0.0
14-
12;12;1;2;0;16977.153;18621.489;1115.13;61.81;0;0;240;170;0.0
15-
13;13;1;3;0;16977.153;18621.489;1115.45;62.698;0;0;240;170;0.0
16-
14;14;1;4;0;16977.153;18621.489;1115.77;63.587;0;0;240;170;0.0
17-
15;15;1;0;1;16977.153;18621.489;1114.49;60.348;0;0;240;170;0.0
18-
16;16;1;1;1;16977.153;18621.489;1114.81;61.241;0;0;240;170;0.0
19-
17;17;1;2;1;16977.153;18621.489;1115.13;62.134;0;0;240;170;0.0
20-
18;18;1;3;1;16977.153;18621.489;1115.45;63.024;0;0;240;170;0.0
21-
19;19;1;4;1;16977.153;18621.489;1115.77;63.91;0;0;240;170;0.0
22-
20;20;2;0;0;16977.153;18621.489;1114.49;120.091;0;0;240;170;0.0
23-
21;21;2;1;0;16977.153;18621.489;1114.81;120.983;0;0;240;170;0.0
24-
22;22;2;2;0;16977.153;18621.489;1115.13;121.871;0;0;240;170;0.0
25-
23;23;2;3;0;16977.153;18621.489;1115.45;122.78;0;0;240;170;0.0
26-
24;24;2;4;0;16977.153;18621.489;1115.77;123.714;0;0;240;170;0.0
27-
25;25;2;0;1;16977.153;18621.489;1114.49;120.416;0;0;240;170;0.0
28-
26;26;2;1;1;16977.153;18621.489;1114.81;121.307;0;0;240;170;0.0
29-
27;27;2;2;1;16977.153;18621.489;1115.13;122.195;0;0;240;170;0.0
30-
28;28;2;3;1;16977.153;18621.489;1115.45;123.111;0;0;240;170;0.0
31-
29;29;2;4;1;16977.153;18621.489;1115.77;124.039;0;0;240;170;0.0
1+
;Subblock;S;M;T;C;Z;X[micron];Y[micron];Z[micron];Time[s];xstart;ystart;width;height
2+
0;0;0;0;0;0;0;16977.153;18621.489;1114.49;0.0;0;0;240;170
3+
1;1;0;0;0;0;1;16977.153;18621.489;1114.81;0.894;0;0;240;170
4+
2;2;0;0;0;0;2;16977.153;18621.489;1115.13;1.792;0;0;240;170
5+
3;3;0;0;0;0;3;16977.153;18621.489;1115.45;2.681;0;0;240;170
6+
4;4;0;0;0;0;4;16977.153;18621.489;1115.77;3.586;0;0;240;170
7+
5;5;0;0;0;1;0;16977.153;18621.489;1114.49;0.328;0;0;240;170
8+
6;6;0;0;0;1;1;16977.153;18621.489;1114.81;1.22;0;0;240;170
9+
7;7;0;0;0;1;2;16977.153;18621.489;1115.13;2.117;0;0;240;170
10+
8;8;0;0;0;1;3;16977.153;18621.489;1115.45;3.007;0;0;240;170
11+
9;9;0;0;0;1;4;16977.153;18621.489;1115.77;3.941;0;0;240;170
12+
10;10;0;0;1;0;0;16977.153;18621.489;1114.49;60.025;0;0;240;170
13+
11;11;0;0;1;0;1;16977.153;18621.489;1114.81;60.916;0;0;240;170
14+
12;12;0;0;1;0;2;16977.153;18621.489;1115.13;61.81;0;0;240;170
15+
13;13;0;0;1;0;3;16977.153;18621.489;1115.45;62.698;0;0;240;170
16+
14;14;0;0;1;0;4;16977.153;18621.489;1115.77;63.587;0;0;240;170
17+
15;15;0;0;1;1;0;16977.153;18621.489;1114.49;60.348;0;0;240;170
18+
16;16;0;0;1;1;1;16977.153;18621.489;1114.81;61.241;0;0;240;170
19+
17;17;0;0;1;1;2;16977.153;18621.489;1115.13;62.134;0;0;240;170
20+
18;18;0;0;1;1;3;16977.153;18621.489;1115.45;63.024;0;0;240;170
21+
19;19;0;0;1;1;4;16977.153;18621.489;1115.77;63.91;0;0;240;170
22+
20;20;0;0;2;0;0;16977.153;18621.489;1114.49;120.091;0;0;240;170
23+
21;21;0;0;2;0;1;16977.153;18621.489;1114.81;120.983;0;0;240;170
24+
22;22;0;0;2;0;2;16977.153;18621.489;1115.13;121.871;0;0;240;170
25+
23;23;0;0;2;0;3;16977.153;18621.489;1115.45;122.78;0;0;240;170
26+
24;24;0;0;2;0;4;16977.153;18621.489;1115.77;123.714;0;0;240;170
27+
25;25;0;0;2;1;0;16977.153;18621.489;1114.49;120.416;0;0;240;170
28+
26;26;0;0;2;1;1;16977.153;18621.489;1114.81;121.307;0;0;240;170
29+
27;27;0;0;2;1;2;16977.153;18621.489;1115.13;122.195;0;0;240;170
30+
28;28;0;0;2;1;3;16977.153;18621.489;1115.45;123.111;0;0;240;170
31+
29;29;0;0;2;1;4;16977.153;18621.489;1115.77;124.039;0;0;240;170

data/S2_3x3_CH2_planetable.csv

Lines changed: 19 additions & 19 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,37 +1,37 @@
1-
;Subblock;Scene;Tile;T;Z;C;X[micron];Y[micron];Z[micron];Time[s];xstart;ystart;width;height
1+
;Subblock;S;M;T;C;Z;X[micron];Y[micron];Z[micron];Time[s];xstart;ystart;width;height
22
0;0;0;0;0;0;0;49442.4;35442.4;111.842;0.0;494104;354104;640;640
3-
1;1;0;0;0;0;1;49442.4;35442.4;111.842;0.032;494104;354104;640;640
3+
1;1;0;0;0;1;0;49442.4;35442.4;111.842;0.032;494104;354104;640;640
44
2;2;0;1;0;0;0;49500.0;35442.4;111.842;0.233;494680;354104;640;640
5-
3;3;0;1;0;0;1;49500.0;35442.4;111.842;0.276;494680;354104;640;640
5+
3;3;0;1;0;1;0;49500.0;35442.4;111.842;0.276;494680;354104;640;640
66
4;4;0;2;0;0;0;49557.6;35442.4;111.842;0.467;495256;354104;640;640
7-
5;5;0;2;0;0;1;49557.6;35442.4;111.842;0.498;495256;354104;640;640
7+
5;5;0;2;0;1;0;49557.6;35442.4;111.842;0.498;495256;354104;640;640
88
6;6;0;3;0;0;0;49557.6;35500.0;111.842;0.715;495256;354680;640;640
9-
7;7;0;3;0;0;1;49557.6;35500.0;111.842;0.747;495256;354680;640;640
9+
7;7;0;3;0;1;0;49557.6;35500.0;111.842;0.747;495256;354680;640;640
1010
8;8;0;4;0;0;0;49500.0;35500.0;111.842;0.951;494680;354680;640;640
11-
9;9;0;4;0;0;1;49500.0;35500.0;111.842;0.979;494680;354680;640;640
11+
9;9;0;4;0;1;0;49500.0;35500.0;111.842;0.979;494680;354680;640;640
1212
10;10;0;5;0;0;0;49442.4;35500.0;111.842;1.184;494104;354680;640;640
13-
11;11;0;5;0;0;1;49442.4;35500.0;111.842;1.222;494104;354680;640;640
13+
11;11;0;5;0;1;0;49442.4;35500.0;111.842;1.222;494104;354680;640;640
1414
12;12;0;6;0;0;0;49442.4;35557.6;111.842;1.433;494104;355256;640;640
15-
13;13;0;6;0;0;1;49442.4;35557.6;111.842;1.467;494104;355256;640;640
15+
13;13;0;6;0;1;0;49442.4;35557.6;111.842;1.467;494104;355256;640;640
1616
14;14;0;7;0;0;0;49500.0;35557.6;111.842;1.664;494680;355256;640;640
17-
15;15;0;7;0;0;1;49500.0;35557.6;111.842;1.703;494680;355256;640;640
17+
15;15;0;7;0;1;0;49500.0;35557.6;111.842;1.703;494680;355256;640;640
1818
16;16;0;8;0;0;0;49557.6;35557.6;111.842;1.905;495256;355256;640;640
19-
17;17;0;8;0;0;1;49557.6;35557.6;111.842;1.94;495256;355256;640;640
19+
17;17;0;8;0;1;0;49557.6;35557.6;111.842;1.94;495256;355256;640;640
2020
18;18;1;0;0;0;0;58442.4;35442.4;111.842;2.143;584104;354104;640;640
21-
19;19;1;0;0;0;1;58442.4;35442.4;111.842;2.176;584104;354104;640;640
21+
19;19;1;0;0;1;0;58442.4;35442.4;111.842;2.176;584104;354104;640;640
2222
20;20;1;1;0;0;0;58500.0;35442.4;111.842;2.382;584680;354104;640;640
23-
21;21;1;1;0;0;1;58500.0;35442.4;111.842;2.412;584680;354104;640;640
23+
21;21;1;1;0;1;0;58500.0;35442.4;111.842;2.412;584680;354104;640;640
2424
22;22;1;2;0;0;0;58557.6;35442.4;111.842;2.61;585256;354104;640;640
25-
23;23;1;2;0;0;1;58557.6;35442.4;111.842;2.642;585256;354104;640;640
25+
23;23;1;2;0;1;0;58557.6;35442.4;111.842;2.642;585256;354104;640;640
2626
24;24;1;3;0;0;0;58557.6;35500.0;111.842;2.851;585256;354680;640;640
27-
25;25;1;3;0;0;1;58557.6;35500.0;111.842;2.893;585256;354680;640;640
27+
25;25;1;3;0;1;0;58557.6;35500.0;111.842;2.893;585256;354680;640;640
2828
26;26;1;4;0;0;0;58500.0;35500.0;111.842;3.095;584680;354680;640;640
29-
27;27;1;4;0;0;1;58500.0;35500.0;111.842;3.127;584680;354680;640;640
29+
27;27;1;4;0;1;0;58500.0;35500.0;111.842;3.127;584680;354680;640;640
3030
28;28;1;5;0;0;0;58442.4;35500.0;111.842;3.323;584104;354680;640;640
31-
29;29;1;5;0;0;1;58442.4;35500.0;111.842;3.354;584104;354680;640;640
31+
29;29;1;5;0;1;0;58442.4;35500.0;111.842;3.354;584104;354680;640;640
3232
30;30;1;6;0;0;0;58442.4;35557.6;111.842;3.558;584104;355256;640;640
33-
31;31;1;6;0;0;1;58442.4;35557.6;111.842;3.586;584104;355256;640;640
33+
31;31;1;6;0;1;0;58442.4;35557.6;111.842;3.586;584104;355256;640;640
3434
32;32;1;7;0;0;0;58500.0;35557.6;111.842;3.78;584680;355256;640;640
35-
33;33;1;7;0;0;1;58500.0;35557.6;111.842;3.81;584680;355256;640;640
35+
33;33;1;7;0;1;0;58500.0;35557.6;111.842;3.81;584680;355256;640;640
3636
34;34;1;8;0;0;0;58557.6;35557.6;111.842;4.01;585256;355256;640;640
37-
35;35;1;8;0;0;1;58557.6;35557.6;111.842;4.048;585256;355256;640;640
37+
35;35;1;8;0;1;0;58557.6;35557.6;111.842;4.048;585256;355256;640;640
Lines changed: 2 additions & 29 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,29 +1,2 @@
1-
Subblock Scene C X[micron] Y[micron] Z[micron] Time[s] xstart ystart width height T Z
2-
0 0 0 29687.5 15687.5 111.842 0.0 148118 78118 640 640 0.0 0.0
3-
1 1 0 33312.5 15687.5 111.842 0.235 166242 78118 640 640 0.0 0.0
4-
2 2 0 29687.5 19312.5 111.842 0.465 148118 96242 640 640 0.0 0.0
5-
3 3 0 33312.5 19312.5 111.842 0.693 166242 96242 640 640 0.0 0.0
6-
4 4 0 38687.5 15687.5 111.842 0.924 193118 78118 640 640 0.0 0.0
7-
5 5 0 42312.5 15687.5 111.842 1.15 211242 78118 640 640 0.0 0.0
8-
6 6 0 38687.5 19312.5 111.842 1.384 193118 96242 640 640 0.0 0.0
9-
7 7 0 42312.5 19312.5 111.842 1.619 211242 96242 640 640 0.0 0.0
10-
8 8 0 47687.5 15687.5 111.842 1.858 238118 78118 640 640 0.0 0.0
11-
9 9 0 51312.5 15687.5 111.842 2.098 256242 78118 640 640 0.0 0.0
12-
10 10 0 47687.5 19312.5 111.842 2.332 238118 96242 640 640 0.0 0.0
13-
11 11 0 51312.5 19312.5 111.842 2.564 256242 96242 640 640 0.0 0.0
14-
12 12 0 56687.5 15687.5 111.842 2.795 283118 78118 640 640 0.0 0.0
15-
13 13 0 60312.5 15687.5 111.842 3.025 301242 78118 640 640 0.0 0.0
16-
14 14 0 56687.5 19312.5 111.842 3.266 283118 96242 640 640 0.0 0.0
17-
15 15 0 60312.5 19312.5 111.842 3.496 301242 96242 640 640 0.0 0.0
18-
16 16 0 65687.5 15687.5 111.842 3.743 328118 78118 640 640 0.0 0.0
19-
17 17 0 69312.5 15687.5 111.842 3.973 346242 78118 640 640 0.0 0.0
20-
18 18 0 65687.5 19312.5 111.842 4.212 328118 96242 640 640 0.0 0.0
21-
19 19 0 69312.5 19312.5 111.842 4.443 346242 96242 640 640 0.0 0.0
22-
20 20 0 74687.5 15687.5 111.842 4.682 373118 78118 640 640 0.0 0.0
23-
21 21 0 78312.5 15687.5 111.842 4.91 391242 78118 640 640 0.0 0.0
24-
22 22 0 74687.5 19312.5 111.842 5.149 373118 96242 640 640 0.0 0.0
25-
23 23 0 78312.5 19312.5 111.842 5.385 391242 96242 640 640 0.0 0.0
26-
24 24 0 83687.5 15687.5 111.842 5.62 418118 78118 640 640 0.0 0.0
27-
25 25 0 87312.5 15687.5 111.842 5.85 436242 78118 640 640 0.0 0.0
28-
26 26 0 83687.5 19312.5 111.842 6.084 418118 96242 640 640 0.0 0.0
29-
27 27 0 87312.5 19312.5 111.842 6.308 436242 96242 640 640 0.0 0.0
1+
;Subblock;S;M;T;C;Z;X[micron];Y[micron];Z[micron];Time[s];xstart;ystart;width;height
2+
0;0;0;0;0;0;0;29687.5;15687.5;111.842;0.0;148118;78118;640;640

data/czi_multidim.czi

9.23 MB
Binary file not shown.

0 commit comments

Comments
 (0)