Skip to content

Commit 56357da

Browse files
Add more VCF files converted using plink
1 parent fab64e1 commit 56357da

File tree

3 files changed

+118
-0
lines changed

3 files changed

+118
-0
lines changed
Lines changed: 9 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,9 @@
1+
##fileformat=VCFv4.2
2+
##fileDate=20250521
3+
##source=PLINKv1.90
4+
##contig=<ID=1,length=21>
5+
##INFO=<ID=PR,Number=0,Type=Flag,Description="Provisional reference allele, may not be based on real reference genome">
6+
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
7+
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT ind0 ind1 ind2 ind3 ind4 ind5 ind6 ind7 ind8 ind9
8+
1 10 1_10 G A . . PR GT 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
9+
1 20 1_20 C T . . PR GT 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
Lines changed: 107 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,107 @@
1+
##fileformat=VCFv4.2
2+
##fileDate=20250521
3+
##source=PLINKv1.90
4+
##contig=<ID=1,length=101>
5+
##INFO=<ID=PR,Number=0,Type=Flag,Description="Provisional reference allele, may not be based on real reference genome">
6+
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
7+
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 000 001 002 003 004 005 006 007 008 009
8+
1 1 1:1:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0
9+
1 2 1:2:ACT:G ACT G . . PR GT 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1
10+
1 3 1:3:ACT:G G ACT . . PR GT 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1
11+
1 4 1:4:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1
12+
1 5 1:5:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT ./. 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/0 0/1 0/0
13+
1 6 1:6:ACT:G G ACT . . PR GT 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0
14+
1 7 1:7:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0
15+
1 8 1:8:T:GTGG GTGG T . . PR GT ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0
16+
1 9 1:9:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0
17+
1 10 1:10:A:C C A . . PR GT 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0
18+
1 11 1:11:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./.
19+
1 12 1:12:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/0 0/0 ./. 1/1 0/1 0/0 0/1 ./. 1/1 0/0
20+
1 13 1:13:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0
21+
1 14 1:14:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. ./.
22+
1 15 1:15:ACT:G G ACT . . PR GT 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1
23+
1 16 1:16:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
24+
1 17 1:17:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0
25+
1 18 1:18:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
26+
1 19 1:19:A:C C A . . PR GT 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1
27+
1 20 1:20:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0
28+
1 21 1:21:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0
29+
1 22 1:22:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 ./.
30+
1 23 1:23:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/1 0/1 ./. ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1
31+
1 24 1:24:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0
32+
1 25 1:25:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 ./. ./. ./. ./. 0/0 0/1 0/1 0/0
33+
1 26 1:26:ACT:G G ACT . . PR GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/0
34+
1 27 1:27:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0
35+
1 28 1:28:ACT:G ACT G . . PR GT 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 1/1
36+
1 29 1:29:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. ./. ./. 0/0 0/1 0/0
37+
1 30 1:30:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0
38+
1 31 1:31:T:GTGG GTGG T . . PR GT 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0
39+
1 32 1:32:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 1/1 ./. 0/0 0/1
40+
1 33 1:33:ACT:G G ACT . . PR GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0
41+
1 34 1:34:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 1/1 0/1 ./. 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 ./.
42+
1 35 1:35:A:C A C . . PR GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1
43+
1 36 1:36:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT ./. 1/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0
44+
1 37 1:37:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
45+
1 38 1:38:A:C A C . . PR GT 0/1 0/0 0/0 ./. 1/1 1/1 ./. 0/0 0/1 0/0
46+
1 39 1:39:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0
47+
1 40 1:40:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 1/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0
48+
1 41 1:41:A:C A C . . PR GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
49+
1 42 1:42:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1
50+
1 43 1:43:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0
51+
1 44 1:44:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
52+
1 45 1:45:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1
53+
1 46 1:46:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0
54+
1 47 1:47:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1
55+
1 48 1:48:A:C A C . . PR GT 0/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0
56+
1 49 1:49:A:C A C . . PR GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0
57+
1 50 1:50:A:C A C . . PR GT 0/1 ./. ./. ./. 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/1
58+
1 51 1:51:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0
59+
1 52 1:52:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 ./. ./. 0/1
60+
1 53 1:53:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 1/1
61+
1 54 1:54:A:C A C . . PR GT 0/1 ./. 0/0 0/1 ./. ./. ./. 1/1 0/0 0/0
62+
1 55 1:55:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1
63+
1 56 1:56:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 ./.
64+
1 57 1:57:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 ./. 0/0 1/1 0/0 1/1
65+
1 58 1:58:A:C C A . . PR GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1
66+
1 59 1:59:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1
67+
1 60 1:60:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0
68+
1 61 1:61:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./.
69+
1 62 1:62:A:C A C . . PR GT 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 ./.
70+
1 63 1:63:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 ./. 1/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0
71+
1 64 1:64:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
72+
1 65 1:65:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0
73+
1 66 1:66:ACT:G ACT G . . PR GT 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0
74+
1 67 1:67:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/1
75+
1 68 1:68:ACT:G G ACT . . PR GT 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1
76+
1 69 1:69:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0
77+
1 70 1:70:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1
78+
1 71 1:71:ACT:G G ACT . . PR GT 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1
79+
1 72 1:72:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/0 0/1 0/0 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 1/1 0/1
80+
1 73 1:73:A:C A C . . PR GT 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
81+
1 74 1:74:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1
82+
1 75 1:75:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0
83+
1 76 1:76:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
84+
1 77 1:77:ACT:G G ACT . . PR GT ./. 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0
85+
1 78 1:78:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
86+
1 79 1:79:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1
87+
1 80 1:80:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0
88+
1 81 1:81:A:C A C . . PR GT 0/0 0/1 ./. 0/1 ./. 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1
89+
1 82 1:82:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0
90+
1 83 1:83:A:C A C . . PR GT 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1
91+
1 84 1:84:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0
92+
1 85 1:85:A:C A C . . PR GT 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
93+
1 86 1:86:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1
94+
1 87 1:87:ACT:G G ACT . . PR GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0
95+
1 88 1:88:A:C A C . . PR GT 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. ./. 0/0 0/1 0/0 0/0
96+
1 89 1:89:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1
97+
1 90 1:90:T:GTGG T GTGG . . PR GT 0/1 0/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1
98+
1 91 1:91:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1
99+
1 92 1:92:T:GTGG GTGG T . . PR GT ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0
100+
1 93 1:93:A:C A C . . PR GT 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 ./. ./. 0/0 0/0
101+
1 94 1:94:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1
102+
1 95 1:95:A:C A C . . PR GT 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0
103+
1 96 1:96:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./.
104+
1 97 1:97:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0
105+
1 98 1:98:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0
106+
1 99 1:99:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0
107+
1 100 1:100:A:C A C . . PR GT 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0

tests/test_plink.py

Lines changed: 2 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -402,6 +402,8 @@ def test_variant_length(self, ds):
402402
"prefix",
403403
[
404404
"tests/data/plink/example",
405+
"tests/data/plink/example_with_fam",
406+
# "tests/data/plink/plink_sim_10s_100v_10pmiss",
405407
],
406408
)
407409
def test_against_plinks_vcf_output(prefix, tmp_path):

0 commit comments

Comments
 (0)