psmc.md

PSMC 估算群体历史

PSMC 是使用单个个体的两条序列推断群体历史动态的方法，一般认为，测序深度大于10X的个体推算结果比较准确，在1000年内的结果不一定准确

将bam文件转换为fastq格式的一致性序列

samtools mpileup -C50 -uf ref.fa aln.bam | bcftools call -c - | vcfutils.pl vcf2fq -d $average_depth/3 -D $average_depth/3 -D 100 | gzip > diploid.fq.gz

将fastq文件转换为psmcfa格式

utils/fq2psmcfa -q20 diploid.fq.gz > diploid.psmcfa

使用psmc对每个个体进行100次bootstrap重复估算

for i in 1..100:
    psmc -N25 -t15 -r5 -p "4+25*2+4+6" -o diploid.psmc diploid.psmcfa
done

或

seq 100 | xargs -i echo psmc -N25 -t15 -r5 -b -p "4+25*2+4+6" -o round-{}.psmc split.fa | sh

合并所有结果

cat roud-*.psmc > combined.psmc

画图

utils/psmc_plot.pl -pY50000 -u $mutation_rate -g $per_generation_time combined combined.psmc