tried_fileの保存場所

[yamami-n]

ターゲットファイルをディレクトリにまとめ、1階層上のdirectoryで実行した時、trimmed.fq.gzが実行directoryに保存されますが、その後のステップでターゲットファイルのdirectoryにtrimmedファイルを探しに行くようで、エラーで止まります。
ファイルは 190610_/test_ikra/fastqgz_data/fastq.gz
実行は 190610_/test_ikra
trimmedファイルが190610_**/test_ikra/***trimmed.fq.gzの様に出力されてしまい、以下のエラーが出ます。

Exception : [
The following errors were detected with the read files

ERROR: file [fastqgz_data/A1_1_R1_trimmed.fq.gz] does not appear to exist!

]

できれば、中間ファイルをまとめるdirectoryを作って、そこを参照しにいくようにしてもらえると助かります。
よろしくお願いいたします。