关于结果解读

[majssssa]

张老师您好，我使用了您写的流程，得到了如下结果。其中1是外类群，4，5，6是多倍体物种的3个预设的亚基因组，2，3，7，8是目前普遍认为的该多倍体物种的潜在祖先。请问，该结果是否可以表面这个多倍体物种是一个同源多倍体。

[zhangrengang]

这个树形不支持异源多倍体，但也不能完全排除异源多倍体的可能性（祖先灭绝的异源多倍体）。可结合SubPhaser结果和kmer (smudgeplot)分析等确认是否为同源多倍体。

[majssssa]

好的，谢谢张老师。

k15_q1_f1.0.kmer.mat.pdf

这是SubPhaser的结果，可以看得出来无法进行亚基因组的区分，因此根据该软件的作者，我选择了此Pipline。

Smudgeplot的结果如下，表面可能为一个AAB的异源多倍体

[majssssa]

此外，另外一个比较奇怪的结果是，在分染色体结果中，Chr4和Chr9构建的系统发育和汇总后的系统发育树的结果冲突，以下是Chr4和Chr9的结果

[zhangrengang]

很可能同源。AAB不代表异源，对于三倍体，同源也是AAB。整体kmer分布是怎样的？SubPhaser可以试下按两套来分，参数用-nsg 2 -baseline -1。

内部枝长很短，可能ILS很高，或有不同的演化历史。可用phytop看下q1/q2/q3的模式。

[zhangrengang]

从Chr4和Chr9树上看，如果是同源三倍体，其祖先也很可能是2、3、7的共同祖先。这个是三倍体还是六倍体？如果是三倍体，不可育？

[majssssa]

张老师，正常这个物种自然环境下是一个6倍体，但是该物种在进行测序的时候，测的是一个人工培育的3倍体。

[majssssa]

张老师，这个是kmer的整体分布情况

[majssssa]

张老师，这是SubPhaser按照2套来分的结果，从结果来看，也并没有分出来2套。但是热图上来看，27号染色体比较特殊，这也对应了为什么Chr9的系统发育会出现特殊的系统发育结构

k15_q10_f2.kmer.mat.pdf

k15_q10_f2.kmer_pca.pdf

[zhangrengang]

同源的可能性更高。但不太容易下定论，不像四倍体，AABB和AAAB的区别较大。可能需结合细胞学实验。

[majssssa]

明白了，谢谢张老师

[majssssa]

张老师您好，祝贺您最新的研究成果（SOI: robust identification of orthologous synteny with the Orthology Index and broad applications in evolutionary genomics）发表。

请问SOI的filter是否可用于亚基因组划分的流程呢，也就是在wgdi -bi前使用filter筛选，是否会让结果更加准确。

[zhangrengang]

可以。soi filter代替wgdi -c进行共线性过滤，soi dotplot代替Ks显示共线性块的直系同源关系。readme这里和这里有写（没写命令，我回头再加上）。结果会更加稳健，适用范围更广，一般不用调参数就能得到比较准确的结果。代价是要预先跑下OrthoFinder（一般标准流程也要跑下）。

[majssssa]

明白了，谢谢张老师