—— 2025.11.1
# Conda 环境
conda activate lmk_proteinMPNN
# 主程序路径
/data/lmk/ProteinMPNN/protein_mpnn_run.py
# 输入输出路径
输入结构: /data/lmk/mpnn_doc/mpnn_input/
输出结果: /data/lmk/mpnn_doc/mpnn_output/| 示例编号 | 功能类型 | 主要作用 |
|---|---|---|
| 01 | 简单单体设计 | 最基础的单链设计任务，熟悉输入/输出格式 |
| 02 | 多链复合物设计 | 针对多链复合物（如抗原-抗体），只设计指定链 |
| 03 | 直接路径输入设计 | 无需预解析 .jsonl，可直接从 PDB 文件路径运行 |
| 04-1 | 固定残基不设计 | 指定残基保持原序列不变（固定位点） |
| 04-2 | 仅设计指定残基 | 相反操作，仅让特定残基可设计 |
| 05 | 对称性设计 | 绑定多条链中对应残基，使其协同设计（对称约束） |
| 06 | 同源寡聚体设计 | 针对C2/C3/C4对称复合物的对称性序列生成 |
| 07 | 输出氨基酸概率 | 输出每个残基20种氨基酸的概率分布矩阵 |
| 08 | 氨基酸偏置设计 | 调整氨基酸偏好，如鼓励芳香族或抑制半胱氨酸 |