Xavyeah39 dev

README.md

@@ -35,6 +35,9 @@ Documentation : https://geonature-citizen.readthedocs.io
 - https://observation.lehavre.fr
 - https://enquetes.cbiodiv.org
 - https://jobservemonparc.fr
+- https://obs.parc-livradois-forez.org
+- https://citizen.parc-naturel-pilat.fr
+- https://observatoire-biodiversite.parcdesbauges.com
 
 ## Solutions logicielles
 

backend/gncitizen/core/observations/routes.py

@@ -17,9 +17,13 @@
 from gncitizen.utils.jwt import get_id_role_if_exists, get_user_if_exists
 from gncitizen.utils.mail_check import send_user_email
 from gncitizen.utils.media import save_upload_files
-from gncitizen.utils.taxonomy import get_taxa_by_cd_nom, taxhub_rest_get_taxon_list, set_taxa_info_from_taxhub
+from gncitizen.utils.taxonomy import (
+    get_taxa_by_cd_nom,
+    taxhub_rest_get_taxon_list,
+    set_taxa_info_from_taxhub,
+)
 from server import db
-from shapely.geometry import Point, shape
+from shapely.geometry import shape
 from sqlalchemy import desc
 from utils_flask_sqla.response import json_resp
 
@@ -242,16 +246,16 @@ def post_observation():
                 newobs.id_observation,
                 ObservationMediaModel,
             )
-            current_app.logger.debug(
-                "[post_observation] ObsTax UPLOAD FILE {}".format(file)
+            current_app.logger.debug("[post_observation] ObsTax UPLOAD FILE {}".format(file))
+            newobs = (
+                db.session.query(ObservationModel)
+                .options(db.joinedload(ObservationModel.medias))
+                .get(newobs.id_observation)
             )
-            newobs = db.session.query(ObservationModel).options(
-                db.joinedload(ObservationModel.medias)
-            ).get(newobs.id_observation)
             features = newobs.get_feature()
 
             id_taxonomy_list = newobs.program_ref.taxonomy_list
-            params = {'cd_nom': newobs.cd_nom}
+            params = {"cd_nom": newobs.cd_nom}
             # Appel synchrone à taxhub_rest_get_taxon_list
             if id_taxonomy_list is not None:
                 taxon_list_data = taxhub_rest_get_taxon_list(id_taxonomy_list, params)
@@ -314,7 +318,7 @@ def get_all_observations() -> Union[FeatureCollection, Tuple[Dict, int]]:
                 ProgramsModel.id_program == ObservationModel.id_program,
                 isouter=True,
             )
-            .order_by(desc(ObservationModel.timestamp_create))
+            .order_by(desc(ObservationModel.date))
             .filter(*filters)
         )
 
@@ -325,11 +329,10 @@ def get_all_observations() -> Union[FeatureCollection, Tuple[Dict, int]]:
             observations = query.all()
         features = [obs.get_feature() for obs in observations]
 
-
         if observations:
             id_taxonomy_list = observations[0].program_ref.taxonomy_list
-            cd_nom_list = ','.join(map(str, {obs.cd_nom for obs in observations}))
-            params = {'cd_nom': cd_nom_list} if cd_nom_list else {}
+            cd_nom_list = ",".join(map(str, {obs.cd_nom for obs in observations}))
+            params = {"cd_nom": cd_nom_list} if cd_nom_list else {}
         else:
             id_taxonomy_list = None
             params = {}
@@ -340,7 +343,6 @@ def get_all_observations() -> Union[FeatureCollection, Tuple[Dict, int]]:
         else:
             features_with_taxhub_info = features
 
-
         feature_collection = FeatureCollection(features_with_taxhub_info)
 
         if paginate:

backend/gncitizen/core/sites/routes.py

@@ -226,7 +226,14 @@ def get_program_sites(id):
         description: List of all sites
     """
     try:
-        sites = SiteModel.query.filter_by(id_program=id).all()
+        sites = (
+            db.session.query(SiteModel)
+            .join(VisitModel, SiteModel.id_site == VisitModel.id_site)
+            .filter(SiteModel.id_program == id)
+            .order_by(VisitModel.date.desc())
+            .order_by(SiteModel.timestamp_create.desc())
+            .all()
+        )
         return prepare_sites(sites)
     except Exception as e:
         return {"error_message": str(e)}, 400

docs/index.rst

@@ -18,6 +18,7 @@ Documentation de GeoNature-citizen
    configuration
    administration
    badges
+   update
    devs/index
    history
 

docs/update.md

@@ -0,0 +1,116 @@
+# Mise à jour de GeoNature-citizen
+
+## ⚠️ Prérequis et précautions
+
+Avant toute mise à jour, **sauvegardez impérativement** :
+
+- 📦 Les fichiers de l’application  
+- 🗃️ La base de données PostgreSQL  
+  _ou_  
+- 🖼️ Réalisez un **snapshot complet** du serveur
+
+> En cas de problème, cela permet de restaurer l’état antérieur de l'application.
+
+---
+
+## 🛠️ Méthode 1 – Mise à jour manuelle
+
+### 1. Sauvegarder l'instance existante
+
+```bash
+cd ~/
+mv ~/gncitizen ~/gncitizen_old
+```
+
+### 2. Télécharger la nouvelle version
+
+```bash
+VERSION=X.Y.Z  # Remplacez X.Y.Z par la version cible
+curl -OJL https://github.com/PnX-SI/GeoNature-citizen/archive/refs/tags/$VERSION.zip
+unzip GeoNature-citizen-$VERSION.zip
+mv GeoNature-citizen-$VERSION gncitizen
+rm GeoNature-citizen-$VERSION.zip
+```
+
+### 3. Restaurer les fichiers de configuration et personnalisations
+
+```bash
+cp ~/gncitizen_old/config/settings.ini ~/gncitizen/config/
+cp ~/gncitizen_old/config/config.toml ~/gncitizen/config/
+cp ~/gncitizen_old/config/backoffice_* ~/gncitizen/config/
+cp ~/gncitizen_old/config/badges_config.py ~/gncitizen/config/
+
+cp ~/gncitizen_old/frontend/src/conf/app.config.ts ~/gncitizen/frontend/src/conf/
+cp ~/gncitizen_old/frontend/src/conf/map.config.ts ~/gncitizen/frontend/src/conf/
+cp -r ~/gncitizen_old/frontend/src/custom/* ~/gncitizen/frontend/src/custom/
+
+cp -r ~/gncitizen_old/media/ ~/gncitizen/media/
+```
+
+> ✅ Ces fichiers devraient idéalement être suivis ou exclus proprement avec `.gitignore` si vous utilisez Git.
+
+---
+
+## 🌿 Méthode 2 – Mise à jour via Git (recommandée si dépôt cloné)
+
+### 1. Aller dans le répertoire de l’application
+
+```bash
+cd ~/gncitizen
+```
+
+### 2. Mettre à jour le dépôt
+
+```bash
+git pull
+```
+
+> ⚙️ Les fichiers de config/perso sont gérés avec `.gitignore` et donc conservés.
+
+---
+
+## 📌 Étapes communes post-mise à jour
+
+### 3. Lire les notes de version
+
+Consultez les [notes de version](https://github.com/PnX-SI/GeoNature-citizen/releases) pour vérifier s’il y a :
+
+- des scripts à exécuter
+- des fichiers à modifier
+- des migrations de base de données à effectuer
+
+---
+
+### 4. Lancer le script de mise à jour de l'application
+
+```bash
+cd ~/gncitizen
+./install/update_app.sh
+```
+
+---
+
+### 5. Effectuer les migrations de base de données (si nécessaire)
+
+> ⚠️ Vérifiez la version cible de la BDD dans les notes de version pour définir le bon **Alembic stamp**.
+
+```bash
+ALEMBIC_STAMP=e8c1cd57ad16  # Remplacez par le hash correct selon la version
+
+cd ~/gncitizen/backend
+source .venv/bin/activate
+
+flask db stamp $ALEMBIC_STAMP
+flask db upgrade
+
+deactivate
+```
+
+---
+
+## ✅ C'est terminé !
+
+L’application GeoNature-citizen est maintenant à jour.  
+Pensez à tester rapidement l’interface et les fonctionnalités principales pour valider la mise à jour.
+
+⚠️ Pensez à supprimer le répertoire de l'installation précédente (`gncitizen_old`) afin de libérer de l'espace disque. En particulier le répertoire `media` qui a été copié dans le répertoire de la nouvelle version.

install/update_app.sh

@@ -3,33 +3,34 @@ set -e
 
 cd $(dirname $(dirname "${BASH_SOURCE[0]:-$0}"))
 
-# Mise à jour du git
-git pull
+DIR=$(pwd)
 
-. config/settings.ini
-npm install
+# Creation du repertoires de logs
+mkdir -p var/log
 
+. config/settings.ini
 # Transpilation du frontend
-cd frontend
+# Source nvm.sh pour accéder à nvm
+source ~/.nvm/nvm.sh
+cd ${DIR}/frontend
+nvm install
+nvm use
 npm install
-
-echo "Build frontend"
+echo "Build frontend ..."
 npm run build:i18n-ssr
 
-echo "Reloading Front server ..."
-sudo -s supervisorctl reload geonature
-
-cd ..
+# Création du venv et mise a jour des requirements
+echo "Upgrade backend ..."
+cd $DIR/backend
+venv_path=$DIR/backend/${venv_dir:-".venv"}
+if [ ! -f $venv_path/bin/activate ]; then
+  python3 -m virtualenv $venv_path
+fi
+source .venv/bin/activate
+pip install -r requirements.txt
 
-# Mise a jour des requirements
-FLASKDIR=$(readlink -e "${0%/*}")
-APP_DIR="$(dirname "$FLASKDIR")"
-venv_dir=".venv"
-venv_path=$FLASKDIR/backend/$venv_dir
-source $venv_path/bin/activate
-echo $(pwd)
-pip install -r backend/requirements.txt
 
 # Reload Supervisor pour l'api
 echo "Reloading Api ..."
-sudo -s supervisorctl reload api_geonature
+sudo supervisorctl restart gncitizen_api
+sudo supervisorctl restart gncitizen_front