Edición 2025 💜, parte 3
⭐ Objetivo
Fomentar la formación y crecimiento en bioinformática a través de cursos gratuitos para toda la comunidad interesada.
Los cursos se imparten cada viernes, se les pide que se inscriban máximo el JUEVES A LAS 6 PM. Solicitudes recibidas posterior a este día y hora, no podrán asistir el viernes de esa semana.
Completa el siguiente Google form. Inscripciones abiertas del 31 de enero al 6 de febrero, cierre 6 pm.
Para cualquier duda o problema mandar un correo con copia a los coordinadores del curso, la Dra. Evelia Coss (ecoss@liigh.unam.mx) y el Dr. Israel Aguilar (iaguilar@inmegen.gob.mx).
Gracias por hacer de nuestro grupo un lugar especial. ¡Espero que sigamos logrando grandes cosas junt@s!
Queremos recordarles que el acceso a la misma es exclusivo para quienes se registraron previamente a través del formulario, utilizando el correo de Gmail con el que se inscribieron. Por favor, no compartan el enlace de la clase libremente, ya que Google meet cuenta con un acceso limitado a 100 personas, y deseamos asegurarnos de que todos aquellos que se tomaron el tiempo de registrarse puedan participar. Es un curso gratuito y quedará grabado
Se otorgará un diploma a los participantes que cuenten con el 80 % de las asistencias emitido por el LIIGH-UNAM, teniendo como representante a la Dra. Maria Avila.
ASISTENCIAS: Utilizaremos una extensión de Google Meet para registrar la asistencia. Esta herramienta registrará automáticamente el nombre de usuario de Gmail, la hora de entrada y el tiempo que permanezcan en la llamada. Les pedimos que, antes de la clase, se aseguren de que su nombre de usuario esté actualizado.
Además, les pedimos que, si no tienen la posibilidad de asistir a la clase completa (2 horas), consideren NO ingresar, de manera que puedan ceder su lugar a otra persona que pueda aprovechar la clase en su totalidad (solo hay 100 lugares en la llamada de Google meet). Queremos asegurarnos de que todos los participantes puedan disfrutar de una experiencia completa y enriquecedora de la mano de los instructores. Respeten el espacio y el tiempo que ellos también les proporcionen, por favor.
DIPLOMA: Es importante recordar que si la clase tiene una duración de 2 horas y permanecen menos tiempo (por ejemplo, 1h 30 min), esto se considerará una falta. Al inscribirse en el curso, se comprometieron a asistir y participar en las clases completas para poder recibir un diploma, para lo cual se requiere al menos un 80% de asistencia.
- Quetzally Medina. Estudiante de doctorado
- Jorge Alfredo Suazo - Estudiante de la Licenciatura en Ciencias Genomicas, ENES Juriquilla-UNAM
- Maria Fernanda Miron Toruno - Doctorado Baylor University
- Dra. Aline Pingarroni - Profesora-Investigadora FES-Iztacala UNAM
- Sofía Zorrilla Azcué - Estudiante de maestría y asistente de investigación, ENES-Morelia
- Johana Galguera
- Dr. David Valle García
Coordinadores: Dra. Evelia Coss y Dr. Israel Aguilar
Staff: Jorge Suazo
- Viernes 1. Información general del curso (7/feb/2025) - Evelia Coss e Israel Aguilar
- Viernes 2. Introducción a R, parte 1 (14/feb/2025) - Israel Aguilar
- Viernes 3. Introducción a R, parte 2(21/feb/2025) - Israel Aguilar
- Viernes 4. Manipulación de datos usando R (28/feb/2025) - Jorge Sauzo - 2:30 a 4:30 pm
- Viernes 5. Git + Github (7/marzo/2025) - Evelia Coss
- Viernes 6. Git + Github (14/marzo/2025) - Evelia Coss
- Viernes 7. Mini curso de Alphafold2 (21/marzo/2025) - Quetzally Medina
- Viernes 8. Introducción a Quarto (28/marzo/2025) - Sofía Zorrilla
- Viernes 9. Buenas practicas en bioinformática (4/abril/2025) - Johana Galguera
- Viernes 10. Programacion defensiva con ggplot2 (11/abril/2025) - Evelia Coss
- Viernes 11. Análisis de datos de RNA-seq (25/abril/2025) - David Valle García
- Viernes 12. Introducción a Rmarkdown (2/mayo/2025) - Aline Pingarroni
- Viernes 13. Introducción a la visualización de datos con ggplot2 (16/mayo/2025) - Fernanda Miron
- Viernes 14. Mini curso de metagenomica (23/mayo/2025) - Grupo de Nelly Selem
- Viernes 15. Mini curso de metagenomica (30/mayo/2025) - Grupo de Nelly Selem
- Viernes 16. Aprendiendo a hacer figuras interactivas y figuras de articulo con R (6/junio/2025) - Evelia Coss
- Fecha: 14 y 21 de febrero 2025
- Instructor: Dr. Israel Aguilar
- Manual: Instalacion de R y Rstudio
- Presentación: Clase2y3
- Grabación:
- Fecha: 28 de febrero 2025
- Instructor: Jorge Sauzo
- Horario: 2:30 a 4:30 pm
- Material: Clase4
- Grabación: Clase4
- Fecha: 7 y 14 de marzo 2025
- Instructor: Evelia Coss
- Horario: 11:30 a 13:30 pm
- Material: Clase5y6
- Grabación:
- Fecha: 21 de marzo 2025
- Instructor: Quetzally Medina
- Horario: 11:30 a 13:30 pm
- Material: Presentacion AlphaFold2 - Clase7
- Grabación: Clase7-AlphaFold2
- Fecha: 28 de marzo 2025
- Instructor: Sofía Zorrilla
- Horario: 11:30 a 13:30 pm
- Material: Taller de manuscritos en Quarto
- Grabación: Clase8
- Fecha: 4 de abril 2025
- Instructor: Johana Galguera
- Horario: 12:00 a 14:00 pm
- Grabación: Clase9
- Fecha: 25 de abril 2025
- Instructor: Dr. David Valle García
- Horario: 11:30 a 13:30 pm
- Grabación: Clase10
- Fecha: 2 de mayo 2025
- Instructor: Dra. Aline Pingarroni
- Horario: 11:00 a 13:00 pm
- Grabación: Clase11
- Fecha: 16 de mayo 2025
- Instructor: Fernanda Miron
- Horario: 11:30 a 13:30 pm
- Grabación:Clase13
- Material:
- Fecha: 23 y 30 de mayo 2025
- Instructor: David Alberto
- Horario: 11:30 a 13:30 pm
- Grabación:
- Material: Metagenomica minicurso
- Fecha: 6 de junio 2025
- Instructor: Evelia Coss
- Horario: 11:30 a 13:30 pm
- Grabación:
- Material: Workshop de Graficas Interactivas y articulos
- Fecha: 20 de junio 2025 & 27 de junio 2025
- Instructor: Israel Aguilar
- Horario: 11:30 a 13:30 pm
- Grabación:
- Instalar Antes de la clase:
- Material: PDF
Temario:
- Conceptos Básicos para el Llamado de Variantes (NGS, coverage, WES, WGS)
- FileFormats del Llamado de Variantes (fastq, sam/bam/cram, vcf)
- Resultados Esperados en el Llamado de Variantes
- Qué Analisis se pueden hacer a partir del Llamado de Variantes base
Los pasados viernes 7 y 14 de marzo tuvimos sesiones especiales en los VieRnes de Bioinformática, donde diversos instructores presentaron proyectos de investigación abiertos a la participación de los alumnos. El objetivo de estas presentaciones fue fomentar el networking y ofrecer oportunidades para que los asistentes exploren nuevas líneas de trabajo, colaboraciones y desarrollo académico
A continuación, les compartimos un breve resumen de los proyectos presentados:
- Análisis integrativo de datos en LupusRGMX: explorando nuevas perspectivas. Palabras claves: Metadatos | resonancias magnéticas | modelos estadísticos | salud mental | WGS | Single Omics. Contactar a: cDra. Ana Laura Hernandez Ledesma (annhled@gmail.com).
- C. elegans como modelo de estudio de enfermedades raras y resistencia a antiparasitarios. Palabras claves: Farmacogenómica | GWAS | Poblaciones silvestres | Comportamiento | Modelado Funcional | Metadatos. Contactar a: Dr. Jose Luis Tellez (sirjlister@comunidad.unam.mx).
- Explorando la historia evolutiva y la genética poblacional en México a través de datos paleogenómicos. Palabras clave: Paleogenómica | Genética de poblaciones | Evolución humana | México | Admixture | Enfermedades genéticas | Análisis interdisciplinario. Contactar a: Dr. Federico Sanchez (fsanchez@liigh.unam.mx).
- CAMDA: Anti-Microbial Resistance Prediction Challenge. Palabras clave: Bioinformática | R | Python | Machine Learning | Redes neuronales | Anotación funcional | Ensamble de genomas | AMR. Contactar a: Dra. Haydeé Peruyero (haydeeperuyero@gmail.com)
- Aprendiendo sobre la enfermedad de Parkinson en poblaciones diversas. La Red Mexicana de Investigación en Parkinson. Palabras clave: Evaluaciones clínicas | Resonancias magnéticas | Tareas cognitivas | Salud Mental | Estilo de vida | Genotipado de genoma completo. Contactar a: Dra. Paula Reyes (paularoxanarp@gmail.com)
- Project JAGUAR: Descubriendo la diversidad oculta de las células inmunitarias en América Latina. Palabras clave: Sistema inmune | LATAM | diversidad genética | Metadatos | WGS | Single Omics. Contactar a: cDra. Ale Schäfer (ansjb1999@gmail.com)
- Estudio paleogenómico de patógenos antiguos en individuos de la época colonial de la Ciudad de México. Palabras clave: Paleogenómica | Patógenos antiguos| Metagenómica | Filogenómica | Evolución. Contactar a: cDra.Laura Carrillo (lau.carrillo.olivas89@gmail.com).
Si están interesados en alguno de estos proyectos o desean más información, no duden en contactar a los expositores correspondientes.
- Curso: Bases para la inferencia filogenética, construcción, lectura e interpretación de árboles filogenéticos (parte 2) - Dra. Maria Segovia - Pospuestp hasta noviembre