[Research on deep learning-based integration of single-cell multi-omics data and inference of regulation networks]

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[2024-05-23] CONTRACT第一代版本构建完成

安装

install from GitHub

install the latest develop version

pip install git+https://github.com/YuYun329/contract.git

or git clone and install

pip install git+https://github.com/YuYun329/contract.git
cd CONTRACT
python setup.py install

快速开始

contract可以根据一下步骤完成执行

1. 数据预处理

 contract_preprocess.py [-h] [--ad_file AD_FILE]
                          [--input_fasta INPUT_FASTA]
                          [--out_path OUT_PATH][--batch_size BATCH_SIZE]

其中--ad_file表示传入的数据文件，--input_fasta表示基因坐标参考文件，--out_path表示输出的保存路径

2. 训练模型

python contract_main.py --data_folder "./processed/" --outdir "output"

--data_folder: 数据预处理步骤的输出路径，其下应有一个“ATAC”与一个“RNA”目录

--outdir: 最终输出，包括数据的整合，降噪以及训练的模型。保存在最终的integration.h5ad文件中。