🧬 Sistema di Gestione Pedigree Genetici

Progetto di Tesi - Sistema web completo per la gestione pazienti, creazione e analisi di alberi genealogici in ambito medico-genetico

📋 Indice

• 🎯 Panoramica

• ✨ Funzionalità Principali

• 🏗️ Architettura

• 🛠️ Tecnologie Utilizzate

• 📦 Installazione

• 🚀 Avvio del Sistema

• 📖 Utilizzo

• 🔧 Configurazione

• 📁 Struttura del Progetto

• 📊 Export e Formati Supportati

• 🤝 Contributi

• 📄 Licenza

🎯 Panoramica

Il Sistema di Gestione Pedigree Genetici è una piattaforma web completa sviluppata per supportare professionisti sanitari nella gestione pazienti, creazione e analisi di alberi genealogici in ambito medico-genetico. Il sistema integra la potente libreria PedigreeJS, sviluppata dal team del Centre for Cancer Genetic Epidemiology dell'Università di Cambridge, con un'interfaccia moderna e intuitiva.

🎯 Obiettivi del Progetto

• Digitalizzazione dei processi di raccolta dati genealogici
• Standardizzazione secondo formati medici internazionali (BOADICEA, CanRisk)
• Miglioramento dell'efficienza nella consulenza genetica
• Facilitazione dell'analisi del rischio ereditario

✨ Funzionalità Principali

👥 Gestione Pazienti

• ✅ Operazioni CRUD complete (Create, Read, Update, Delete)
• ✅ Anagrafica dettagliata pazienti
• ✅ Gestione caregiver - Assegnazione e gestione assistenti/familiari
• ✅ Dashboard intuitiva per navigazione rapida
• ✅ Ricerca e filtri avanzati

🌳 Editor Pedigree Avanzato

• ✅ Creazione interattiva di alberi genealogici
• ✅ Pannello laterale personalizzato per editing dettagli
• ✅ Validazione real-time dei dati inseriti
• ✅ Gestione gemelli (monozigoti/dizigoti)
• ✅ Controllo modifiche non salvate con guard di navigazione

📊 Import/Export Professionale

• ✅ Export PNG/SVG ad alta risoluzione
• ✅ Export BOADICEA v4 (standard medico internazionale)
• ✅ Export CanRisk v4.0 (analisi rischio genetico)
• ✅ Export JSON (formato nativo)
• ✅ Stampa PDF professionale
• ✅ Import da formati medici standard

🔍 Funzionalità Mediche Specializzate

• ✅ Diagnosi oncologiche con età di insorgenza
• ✅ Storia riproduttiva (aborti, stillbirth, interruzioni)
• ✅ Stato adozione (adottato/dato in adozione)
• ✅ Validazione coerenza dati medici

🏗️ Architettura

Il sistema segue un'architettura client-server moderna con separazione netta tra front-end e back-end:

┌─────────────────┐    HTTP/REST    ┌─────────────────┐    JPA/Hibernate    ┌─────────────────┐
│                 │ ◄──────────────► │                 │ ◄──────────────────► │                 │
│   Angular 19    │                 │  Spring Boot    │                     │   PostgreSQL    │
│   (Front-end)   │                 │   (Back-end)    │                     │   (Database)    │
│                 │                 │                 │                     │                 │
└─────────────────┘                 └─────────────────┘                     └─────────────────┘
        │                                   │
        │                                   │
        ▼                                   ▼
┌─────────────────┐                 ┌─────────────────┐
│   PedigreeJS    │                 │  Spring Data    │
│   (Rendering)   │                 │      JPA        │
└─────────────────┘                 └─────────────────┘

🛠️ Tecnologie Utilizzate

🎨 Front-end

• Angular 19.0.5 - Framework principale
• Bootstrap 5.3.3 - UI Framework
• PedigreeJS v4.0.0-rc1 - Rendering pedigree
• D3.js - Visualizzazioni grafiche
• jQuery 3.7.1 - Manipolazione DOM
• FontAwesome 6.7.2 - Iconografia
• ApexCharts 3.49.2 - Grafici e statistiche

⚙️ Back-end

• Spring Boot 3.4.4 - Framework principale
• Spring Data JPA - Persistenza dati
• Spring Security - Autenticazione e autorizzazione
• Spring Validation - Validazione dati
• Java 17 - Linguaggio di programmazione
• Maven - Gestione dipendenze
• Lombok - Riduzione boilerplate code

🗄️ Database

• PostgreSQL - Database relazionale principale
• Hibernate - ORM (Object-Relational Mapping)

🔧 Strumenti di Sviluppo

• Git - Controllo versione
• GitHub - Repository hosting
• ESLint - Linting JavaScript/TypeScript
• Prettier - Code formatting

📦 Installazione

📋 Prerequisiti

• Node.js (versione 18+ consigliata) - Include npm automaticamente
• Java 17+ (JDK, non solo JRE)
• Maven 3.6+ (opzionale - il progetto include Maven Wrapper)
• PostgreSQL 12+
• Git

🔧 Setup Database

1. Installa PostgreSQL (se non già presente)

2. Importa il database dal dump incluso:

# Crea il database
createdb [nome_db]

# Importa il dump
psql -d [nome_db] -f db/medical_db_dump.sql

3. Configura le credenziali in back-end/crud/src/main/resources/application.properties

📥 Clonazione Repository

git clone https://github.com/D4n1l0S4/tesi-app.git
cd tesi-app

🎨 Setup Front-end

cd front-end/angular
npm install

⚙️ Setup Back-end

cd back-end/crud

# Opzione 1: Se hai Maven installato
mvn clean install

# Opzione 2: Usando Maven Wrapper (raccomandato)
# Su Linux/macOS:
./mvnw clean install

# Su Windows:
mvnw.cmd clean install

🚀 Avvio del Sistema

1. 🗄️ Avvia Database

# Assicurati che PostgreSQL sia in esecuzione
sudo service postgresql start
# oppure su macOS: brew services start postgresql
# oppure su Windows: net start postgresql-x64-XX

2. ⚙️ Avvia Back-end

cd back-end/crud

# Su Windows:
.\mvnw.cmd spring-boot:run

# Su Linux/macOS:
./mvnw spring-boot:run

# Se hai Maven installato globalmente:
mvn spring-boot:run

Il server sarà disponibile su: http://localhost:8085

3. 🎨 Avvia Front-end

cd front-end/angular
npm start

L'applicazione sarà disponibile su: http://localhost:4200

⚠️ Nota: Servono 2 terminali separati - uno per il back-end e uno per il front-end.

🛑 Fermare i Servizi

• Ctrl + C in entrambi i terminali per fermare i servizi
• Verifica: netstat -ano | findstr ":4200 :8085" (nessun output = servizi fermati)

📖 Utilizzo

🔐 Accesso al Sistema

1. Naviga su http://localhost:4200
2. Effettua il login con le credenziali di test:
   • Username: user
   • Password: 12345678
3. Accedi alla dashboard principale

👥 Gestione Pazienti

1. Sezione "Pazienti" → Visualizza lista completa
2. "Aggiungi Paziente" → Inserisci nuova anagrafica
3. Modifica/Elimina → Gestisci pazienti esistenti
4. Gestione Caregiver → Assegna assistenti/familiari ai pazienti
5. Ricerca e filtri → Trova rapidamente pazienti specifici

🧬 Creazione Pedigree

1. Sezione "Genetica" → Seleziona paziente
2. "Crea Pedigree" → Avvia editor interattivo
3. Aggiungi familiari → Usa widget PedigreeJS
4. Pannello laterale → Modifica dettagli persona selezionata
5. Salva → Persisti nel database

📊 Export Dati

1. Apri pedigree esistente
2. Toolbar Export → Scegli formato desiderato
3. Download automatico del file generato

🔧 Configurazione

🗄️ Database (application.properties)

server.port=8085
spring.datasource.url=jdbc:postgresql://localhost:5432/[nome_db]
spring.datasource.username=[username_db]
spring.datasource.password=[password_db]
spring.jpa.hibernate.ddl-auto=update

🌐 CORS (per sviluppo)

cors.allowed.origins=http://localhost:4200

🎨 Angular Environment

// src/environments/environment.ts
export const environment = {
  production: false,
  apiUrl: 'http://localhost:8085/api/v1'
};

📁 Struttura del Progetto

tesi-app/
├── 📁 front-end/
│   └── 📁 angular/
│       ├── 📁 src/
│       │   ├── 📁 app/
│       │   │   ├── 📁 components/
│       │   │   │   ├── 📁 genetica/           # Dashboard genetica
│       │   │   │   └── 📁 pedigree-viewer/    # Editor pedigree
│       │   │   ├── 📁 services/               # Servizi Angular
│       │   │   ├── 📁 models/                 # Modelli TypeScript
│       │   │   └── 📁 guards/                 # Route guards
│       │   └── 📁 assets/
│       └── 📁 libs/
│           └── 📁 pedigreejs/                 # Libreria PedigreeJS
├── 📁 back-end/
│   └── 📁 crud/
│       ├── 📁 src/main/java/
│       │   └── 📁 it/uniba/crud/
│       │       ├── 📁 controller/             # REST Controllers
│       │       ├── 📁 service/                # Business Logic
│       │       ├── 📁 repository/             # Data Access
│       │       ├── 📁 model/                  # Entità JPA
│       │       └── 📁 dto/                    # Data Transfer Objects
│       └── 📁 src/main/resources/
├── 📁 db/                                     # Database dump e script
│   └── medical_db_dump.sql                   # Dump completo del database
└── 📄 README.md

📊 Export e Formati Supportati

📋 Formati di Export

Formato	Descrizione	Uso Clinico
PNG	Immagine ad alta risoluzione	Documentazione medica
SVG	Grafico vettoriale scalabile	Pubblicazioni scientifiche
JSON	Formato nativo del sistema	Backup e interoperabilità
BOADICEA v4	Standard internazionale	Analisi rischio breast/ovarian cancer
CanRisk v4.0	Formato CanRisk	Valutazione rischio multi-cancer
PDF	Documento stampabile	Referti e documentazione

🔄 Formati di Import

• ✅ JSON (formato nativo)
• ✅ BOADICEA (standard medico)
• ✅ CanRisk (formato rischio)
• ✅ PED (formato genealogico)

🤝 Contributi

Questo progetto è stato sviluppato come progetto di tesi. Per contributi o segnalazioni:

1. 🍴 Fork del repository
2. 🌿 Crea feature branch (git checkout -b feature/AmazingFeature)
3. 💾 Commit delle modifiche (git commit -m 'Add AmazingFeature')
4. 📤 Push del branch (git push origin feature/AmazingFeature)
5. 🔄 Apri Pull Request

📄 Licenza

Questo progetto è sviluppato per scopi accademici come parte di un progetto di tesi universitaria.

📚 Librerie Terze Parti

• PedigreeJS: GPL-3.0-or-later (Centre for Cancer Genetic Epidemiology, University of Cambridge)
• Angular: MIT License
• Spring Boot: Apache License 2.0
• Bootstrap: MIT License

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👨‍💻 Autore

Danilo Santo

• 🎓 Università: Università degli Studi di Bari Aldo Moro, Dipartimento di Informatica.
• 📧 Email: [email protected]
• 💼 LinkedIn: https://www.linkedin.com/in/danilo-santo-1107a2358/

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🙏 Ringraziamenti

• Centre for Cancer Genetic Epidemiology, University of Cambridge per lo sviluppo della libreria PedigreeJS
• Relatore di tesi per la supervisione e guida durante lo sviluppo
• Community open source per le librerie utilizzate

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⭐ Se questo progetto ti è stato utile, lascia una stella! ⭐

Sviluppato con ❤️ per la comunità medico-genetica