BGI Single Cell Analysis WDL Workflow

这个 WDL 工作流用于处理 BGI 单细胞测序数据，支持 RNA-seq、5'端 RNA-seq 和 ATAC-seq 分析。

功能特点

• 支持人类和小鼠样本分析
• 支持三种分析方法：
  • BGI_SC_RNA: 标准单细胞 RNA 测序分析
  • BGI_SC_RNA_5end: 5'端单细胞 RNA 测序分析（包含 VDJ 分析）
  • BGI_SC_ATAC: 单细胞 ATAC 测序分析
• 自动选择合适的参考基因组
• 可选择是否保留 BAM 文件
• 多线程支持，可配置计算资源

输入参数

必需参数

• sample_name: 样本名称
• species: 物种类型 ("Human" 或 "Mouse")
• method: 分析方法 ("BGI_SC_RNA", "BGI_SC_RNA_5end" 或 "BGI_SC_ATAC")
• len_dir: 输入文件目录路径
• oligo_r1: oligo Read1 文件名 (RNA 分析需要)
• oligo_r2: oligo Read2 文件名 (RNA 分析需要)
• cDNA_r1: cDNA Read1 文件名
• cDNA_r2: cDNA Read2 文件名

可选参数

• keep_bam: 是否保留 BAM 文件 (默认: "no")
• cpu: CPU 核心数 (默认: 24)
• mem: 内存大小，单位 GB (默认: 128)
• disk: 磁盘空间，单位 GB (默认: 500)

输出结果

工作流将生成一个压缩文件，命名格式为：{method}-{species}-{sample_name}.tar.gz

输出文件包含分析结果，具体内容根据选择的分析方法而异。如果 keep_bam 设置为 "no"，BAM 文件将被删除以节省空间。

使用示例

{json}
{
"BGI_SC_WF.sample_name": "sample1",
"BGI_SC_WF.species": "Human",
"BGI_SC_WF.method": "BGI_SC_RNA",
"BGI_SC_WF.len_dir": "/path/to/data",
"BGI_SC_WF.oligo_r1": "oligo_1.fq.gz",
"BGI_SC_WF.oligo_r2": "oligo_2.fq.gz",
"BGI_SC_WF.cDNA_r1": "cDNA_1.fq.gz",
"BGI_SC_WF.cDNA_r2": "cDNA_2.fq.gz"
}


## 环境要求

- Docker 环境
- 使用的 Docker 镜像: registry-vpc.miracle.ac.cn/gznl/dnbctools:v1
- dnbc4tools 2.1.3

## 参考基因组

工作流会根据选择的物种和分析方法自动使用相应的参考基因组：

- 人类 (GRCh38)
  - RNA: s3://gznl-open-data-references/BGI_SC/BGI_SC_REF_GRCh38.tar.gz
  - ATAC: s3://gznl-open-data-references/BGI_SC/BGI_SC_REF_GRCh38_ATAC.tar.gz
- 小鼠 (GRCm38)
  - RNA: s3://gznl-open-data-references/BGI_SC/BGI_SC_REF_GRCm38.tar.gz
  - ATAC: s3://gznl-open-data-references/BGI_SC/BGI_SC_REF_GRCm38_ATAC.tar.gz

## 注意事项

1. 确保输入文件路径正确且文件存在
2. 根据数据量适当调整计算资源参数
3. 如果需要保留 BAM 文件，请将 `keep_bam` 设置为 "yes"