236 obtener listados eventos y códigos desde un archivo externo

.lintr

@@ -2,7 +2,6 @@ linters: all_linters(
     packages = c("lintr", "etdev"),
     object_name_linter = NULL,
     implicit_integer_linter = NULL,
-    extraction_operator_linter = NULL,
     todo_comment_linter = NULL,
     library_call_linter = NULL,
     brace_linter = NULL,

R/globals.R

@@ -0,0 +1,2 @@
+# Declaración de variables globales para evitar NOTEs en R CMD check
+utils::globalVariables(c("codigo", "enfermedad", "aa"))

R/import_data.R

@@ -1,3 +1,6 @@
+library(httr2)
+library(dplyr)
+
 #' @title Realizar petición HTTP
 #' @description Función que gestiona las peticiones HTTP a la API del
 #' SIVIGILA.
@@ -66,6 +69,7 @@ realizar_peticion_http <- function(url) {
 #' }
 #' @export
 import_geo_cods <- function(descargar = FALSE) {
+  # TODO Simplificar y remover restricciones y datos quemados en config.yml
   stopifnot("El parametro descargar debe ser un booleano"
             = is.logical(descargar))
   if (descargar) {
@@ -97,63 +101,60 @@ import_geo_cods <- function(descargar = FALSE) {
 #' }
 #' @export
 list_events <- function() {
-  ruta_consulta_event_year <-
-    obtener_val_config("query_diseases_by_year_path")
-  conten_consulta_event_year <-
-    realizar_peticion_http(ruta_consulta_event_year)
-  conten_consulta_event_year <- httr2::resp_body_xml(conten_consulta_event_year)
-  children <- xml2::xml_children(conten_consulta_event_year)
-  children <-  xml2::xml_children(children)
-  children <-  xml2::xml_children(children)
-  children <-  xml2::xml_children(children)
-  text_children <- xml2::xml_text(children)
+ruta_consulta_event_year <-
+  obtener_val_config("query_diseases_by_year_path")
+conten_consulta_event_year <-
+  realizar_peticion_http(ruta_consulta_event_year)
+conten_consulta_event_year <- httr2::resp_body_xml(conten_consulta_event_year)
 
-  i <- 2
-  nomb_events <- NULL
-  years_events <- NULL
-  children <- children[-base::seq(3, length(children), 3)]
-  text_children <- text_children[-base::seq(3, length(text_children), 3)]
-  while (i < base::length(children)) {
-    event <- xml2::xml_text(children[i])
-    nomb_events <- c(nomb_events, event)
-    events <- base::which(text_children == event)
-    years <- events - 1
-    years_events <-
-      c(years_events,
-        base::toString(base::sort(text_children[years],
-                                  decreasing = FALSE)))
-    children <- children[-years]
-    text_children <- text_children[-(events - 1)]
-    children <- children[-base::which(text_children == event)]
-    text_children <- text_children[-base::which(text_children == event)]
-    i <- i + 2
-  }
-  events_adicionales <- obtener_val_config("additional_diseases")
-  nomb_events_ad <- list()
-  years_ad <- list()
-  for (adicional in events_adicionales) {
-    nomb_events_ad[[length(nomb_events_ad) + 1]] <- adicional$event
-    years_ad[[length(years_ad) + 1]] <- toString(seq(adicional$start_year,
-              adicional$final_year))
-  }
-  nomb_events <- c(stringr::str_to_title(nomb_events),
-                   unlist(nomb_events_ad))
-  years_events <- c(years_events, unlist(years_ad))
-  eventos <- obtener_val_config("list_diseases")
-  cod_events <- NULL
-  for (nomb in nomb_events) {
-    for (event in eventos) {
-      if (stringr::str_equal(nomb, event$event)) {
-        cod_events <- c(cod_events, event$cod_eve)
-      }
-    }
-  }
-  list_events <- data.frame(codigo = cod_events,
-                            enfermedad = nomb_events,
-                            aa = years_events)
-  list_events <- list_events[order(list_events$enfermedad,
-                                   decreasing = FALSE), ]
-  list_events
+# Define namespaces including the default one with a prefix (e.g., "atom")
+ns <- c(
+  atom = "http://www.w3.org/2005/Atom",
+  d = "http://schemas.microsoft.com/ado/2007/08/dataservices",
+  m = "http://schemas.microsoft.com/ado/2007/08/dataservices/metadata"
+)
+
+
+cod_evento <- xml2::xml_text(
+  xml2::xml_find_all(
+    conten_consulta_event_year,
+    "//atom:entry//m:properties/d:CodigoEvento",
+    ns
+  )
+)
+
+nom_evento <- xml2::xml_text(
+  xml2::xml_find_all(
+    conten_consulta_event_year,
+    "//atom:entry//m:properties/d:NombreEvento",
+    ns
+  )
+)
+
+anno_evento <- xml2::xml_text(
+  xml2::xml_find_all(
+    conten_consulta_event_year,
+    "//atom:entry//m:properties/d:A_x00f1_o",
+    ns
+  )
+)
+
+
+lista_eventos <- data.frame(
+  codigo = cod_evento,
+  enfermedad = nom_evento,
+  aa = anno_evento
+)
+lista_eventos <- lista_eventos[
+  order(lista_eventos$enfermedad, lista_eventos$aa, decreasing = FALSE),
+]
+
+lista_eventos <- lista_eventos %>%
+  group_by(.data$codigo, .data$enfermedad) %>%
+  summarize(aa = toString(.data$aa), .groups = "drop")
+
+
+  lista_eventos
 }
 
 #' @title Importar los datos de una enfermedad o evento por año

inst/extdata/config.yml

@@ -4,7 +4,7 @@ default:
   file_path_parameters_microdata: "/$value?binaryStringResponseBody=true"
   path_microdata: "web/lists/GetByTitle('Microdatos')/"
   query_path_microdata: "items?$select=*,FileRef&$filter=(A_x00f1_o%20eq%20%27_year_%27)and(NombreEvento%20eq%20%27_disease_%27)"
-  query_diseases_by_year_path: "https://portalsivigila.ins.gov.co/_api/web/lists/GetByTitle('Microdatos')/items?$select=Evento,A_x00f1_o,NombreEvento&$orderby=NombreEvento%20asc&$top=1000"
+  query_diseases_by_year_path: "https://portalsivigila.ins.gov.co/_api/web/lists/GetByTitle('Microdatos')/items?$select=CodigoEvento,A_x00f1_o,NombreEvento&$orderby=NombreEvento%20asc&$top=5000"
   data_delim: ["|", "," , ";", ":", "-"]
   cols_remover: ["particion", "consecutive", "consecutive2", "separacion", "consecutive_12"]
   geo_data_path: "https://www.datos.gov.co/api/views/gdxc-w37w/rows.csv?accessType=DOWNLOAD"
@@ -171,162 +171,5 @@ default:
   months: ["enero", "febrero", "marzo", "abril", "mayo", "junio", "julio", "agosto", "septiembre", "octubre", "noviembre", "diciembre"]
   special_events: [{"cod_eve": 465, "event": "malaria"}]
   request_timeout: 2000000
-  list_diseases:
-  - cod_eve: 100
-    event: "Accidente Ofídico"
-  - cod_eve: 300
-    event: "Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia"
-  - cod_eve: 735
-    event: "Anomalías Congénitas"
-  - cod_eve: 110
-    event: "Bajo Peso Al Nacer"
-  - cod_eve: 155
-    event: "Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino"
-  - cod_eve: 459
-    event: "Cáncer Infantil"
-  - cod_eve: 205
-    event: "Chagas"
-  - cod_eve: 217
-    event: "Chikunguya"
-  - cod_eve: 210
-    event: "Dengue"
-  - cod_eve: 220
-    event: "Dengue Grave"
-  - cod_eve: 112
-    event: "Desnutrición Aguda En Menores De 5 Años"
-  - cod_eve: 230
-    event: "Difteria"
-  - cod_eve: 290
-    event: "Encefalitis Equina Venezolana En Humanos"
-  - cod_eve: 345
-    event: "Esi - Irag (Vigilancia Centinela)"
-  - cod_eve: 346
-    event: "Ira Por Virus Nuevo"
-  - cod_eve: 349
-    event: "Eta Colectivo"
-  - cod_eve: 298
-    event: "Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación"
-  - cod_eve: 228
-    event: "Exposición A Flúor"
-  - cod_eve: 310
-    event: "Fiebre Amarilla"
-  - cod_eve: 320
-    event: "Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea"
-  - cod_eve: 330
-    event: "Hepatitis A"
-  - cod_eve: 340
-    event: "Hepatitis B, C Y Coinfección Hepatitis B Y Delta"
-  - cod_eve: 341
-    event: "Hepatitis C"
-  - cod_eve: 343
-    event: "Hipotiroidismo Congénito"
-  - cod_eve: 348
-    event: "Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada"
-  - cod_eve: 356
-    event: "Intento De Suicidio"
-  - cod_eve: 412
-    event: "Intoxicación Por Gases"
-  - cod_eve: 370
-    event: "Intoxicación Por Medicamentos"
-  - cod_eve: 390
-    event: "Intoxicación Por Metales Pesados"
-  - cod_eve: 380
-    event: "Intoxicación Por Metanol"
-  - cod_eve: 410
-    event: "Intoxicación Por Otras Sustancias Químicas"
-  - cod_eve: 360
-    event: "Intoxicación Por Plaguicidas"
-  - cod_eve: 400
-    event: "Intoxicación Por Solventes"
-  - cod_eve: 414
-    event: "Intoxicación Por Sustancias Psicoactivas"
-  - cod_eve: 420
-    event: "Leishmaniasis Cutánea"
-  - cod_eve: 430
-    event: "Leishmaniasis Mucosa"
-  - cod_eve: 440
-    event: "Leishmaniasis Visceral"
-  - cod_eve: 450
-    event: "Lepra"
-  - cod_eve: 455
-    event: "Leptospirosis"
-  - cod_eve: 452
-    event: "Lesiones Por Artefactos Explosivos (Pólvora Y Minas Antipersonal)"
-  - cod_eve: 458
-    event: "Lesiones Por Pólvora Y Explosivos"
-  - cod_eve: 456
-    event: "Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide"
-  - cod_eve: 457
-    event: "Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide"
-  - cod_eve: 465
-    event: "Malaria"
-  - cod_eve: 460
-    event: "Malaria Asociada (Formas Mixtas)"
-  - cod_eve: 495
-    event: "Malaria Complicada"
-  - cod_eve: 470
-    event: "Malaria Falciparum"
-  - cod_eve: 490
-    event: "Malaria Vivax"
-  - cod_eve: 500
-    event: "Meningitis Meningocócica"
-  - cod_eve: 510
-    event: "Meningitis Por Haemophilus Influenzae"
-  - cod_eve: 520
-    event: "Meningitis Por Neumococo"
-  - cod_eve: 530
-    event: "Meningitis Tuberculosa"
-  - cod_eve: 549
-    event: "Morbilidad Materna Extrema"
-  - cod_eve: 998
-    event: "Morbilidad Por Eda"
-  - cod_eve: 995
-    event: "Morbilidad Por Ira"
-  - cod_eve: 550
-    event: "Mortalidad Materna"
-  - cod_eve: 560
-    event: "Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía"
-  - cod_eve: 580
-    event: "Mortalidad Por Dengue"
-  - cod_eve: 590
-    event: "Mortalidad Por Eda 0-4 Años"
-  - cod_eve: 600
-    event: "Mortalidad Por Ira"
-  - cod_eve: 540
-    event: "Mortalidad Por Malaria"
-  - cod_eve: 610
-    event: "Parálisis flácida Aguda (Menores De 15 Años)"
-  - cod_eve: 620
-    event: "Parotiditis"
-  - cod_eve: 670
-    event: "Rabia Humana"
-  - cod_eve: 710
-    event: "Rubeola"
-  - cod_eve: 730
-    event: "Sarampión"
-  - cod_eve: 739
-    event: "Síndrome Inflamatorio Multisistémico En Niños Asociado A Sars-Cov2"
-  - cod_eve: 760
-    event: "Tétanos Accidental"
-  - cod_eve: 790
-    event: "Tifus Endémico Trasmitido Por Pulgas"
-  - cod_eve: 780
-    event: "Tifus Epidémico Transmitido Por Piojos"
-  - cod_eve: 770
-    event: "Tétanos Neonatal"
-  - cod_eve: 800
-    event: "Tos Ferina"
-  - cod_eve: 305
-    event: "Tracoma"
-  - cod_eve: 810
-    event: "Tuberculosis Extra Pulmonar"
-  - cod_eve: 825
-    event: "Tuberculosis Farmacorresistente"
-  - cod_eve: 820
-    event: "Tuberculosis Pulmonar"
-  - cod_eve: 831
-    event: "Varicela Individual"
-  - cod_eve: 875
-    event: "Vigilancia En Salud Pública De La Violencia De Género E Intrafamiliar"
-  - cod_eve: 895
-    event: "Zika"
+  list_diseases_url: http://localhost:8080/eventos_sivigila.xlsx
+