Instrukcja: Podstawy Bioinformatyki (Quarto + WebR)

Ten dokument opisuje, jak skonfigurować środowisko lokalne, zarządzać plikami kursu oraz publikować zmiany na GitHub Pages.

---

🛠️ Wymagania wstępne

1. Zainstalowane środowisko RStudio (najlepiej najnowsza wersja, która ma wbudowane wsparcie dla Quarto).
2. Zainstalowany system kontroli wersji Git.
3. Konto na GitHubie (Twój login: gladkia).

🚀 Krok 1: Instalacja Quarto

Jeśli jeszcze nie masz Quarto w swoim systemie:

1. Wejdź na stronę: https://quarto.org/docs/get-started/
2. Pobierz i zainstaluj instalator odpowiedni dla Twojego systemu operacyjnego (Windows/Mac/Linux).
3. Uruchom ponownie RStudio.

---

🏗️ Krok 2: Tworzenie projektu i repozytorium

1. Utwórz nowe, puste repozytorium na GitHubie (np. pwbioinfo_2026).
2. Sklonuj to repozytorium na swój komputer (np. przez RStudio: File -> New Project -> Version Control -> Git).
3. Będąc w tym nowym projekcie w RStudio, utwórz strukturę strony Quarto. Wpisz w zakładce Terminal (na dole w RStudio):

   quarto create-project --type website

---

🧩 Krok 3: Instalacja rozszerzenia WebR (Interaktywny kod R)

Aby interaktywne bloki kodu (WebR) działały w naszych laboratoriach, musimy dodać odpowiednie rozszerzenie do projektu Quarto. Wpisz w Terminalu (będąc w folderze projektu):

quarto add coatless/quarto-webr

(Zatwierdź wpisując "Y", gdy instalator zapyta o zgodę).

Jeśli używasz pakietu webexercises do quizów, upewnij się, że masz go zainstalowanego w R:

install.packages("webexercises")

---

📝 Krok 4: Codzienna praca (Dodawanie laboratoriów)

1. Twórz nowe pliki z rozszerzeniem .qmd (np. laboratorium_1.qmd, laboratorium_2.qmd).
2. Aby podejrzeć, jak wygląda strona zanim wrzucisz ją do sieci, użyj przycisku Render (ikona niebieskiej strzałki) u góry edytora w RStudio. Otworzy się lokalny podgląd strony.
3. Pliki i nawigację na stronie konfigurujesz w głównym pliku _quarto.yml.

---

🌐 Krok 5: Publikacja w sieci (GitHub Pages)

Kiedy jesteś zadowolony z wprowadzonych zmian i chcesz opublikować je dla studentów, użyj magicznej komendy w Terminalu:

quarto publish gh-pages

Co robi ta komenda?

• Kompiluje wszystkie Twoje pliki .qmd do czystego HTML.
• Automatycznie wrzuca (pushuje) te wygenerowane pliki na specjalną gałąź gh-pages na Twoim GitHubie.
• Twoja strona zaktualizuje się w ciągu 1-2 minut pod adresem: https://gladkia.github.io/NAZWA_REPOZYTORIUM/