GitHub - gvaleman/Viral-Branch

Branches Tags

Name		Name	Last commit message	Last commit date
Latest commit History 1 Commit
DENV1		DENV1
DENV2		DENV2
DENV3		DENV3
DENV4		DENV4
RABV		RABV
RABV_V2		RABV_V2
Evaluacion de las predicciones con R.R		Evaluacion de las predicciones con R.R
Linajes.py		Linajes.py
Lineage Classifier.py		Lineage Classifier.py
Quebrar fasta.py		Quebrar fasta.py
Random Forest Training.py		Random Forest Training.py
Training model V2.py		Training model V2.py
environment.yml		environment.yml
readme.rmd		readme.rmd
scripts de prueba.py		scripts de prueba.py

Repository files navigation

Viral Branch es un sistema machine learning que impmemnta un algortimo rndom forest, basado en arboles de desiciones para clasificaciones. Viral Branch es un sistema entrenado a clasificar linajes de dengue a partir de archivos vcfs de llamados de vatriantes de los serotipos de dengue

1- Descargar archivos ZST fasta y metadato de nextclade
2- Crear carpeta variant calling analysis - crear estructura del dir
3- Correr el variant caller bash , guardado en CCONSENSO/Scripts
0- Instalar enviroment conda CONSENSO_D
4- Entrenamiento: correr el script dengue_lineage_Random_Forest.py, adaptando lo que sea necesario para cada script:
	python3 dengue_lineage_Random_Forest.py 
	*en el script cambiar el nombre del metadato en la seccion de definicion de parametros y paths
5- Evaluación con R de los resultados