Knowledge Graph Embeddings Thesis

Thesis: https://ikee.lib.auth.gr/record/366484/

Από το repository λείπει το "full database.xml" του drugbank, το "clinical_annotations.tsv" και το "drugs.tsv" του PharmGKB, καθώς και το "Homo_sapiens.owl" του Reactome.

Στο db-phgkb.py:

“full_database.xml” --> drugbank database “drugs.tsv” + “clinical_annotations.tsv” --> pharmGKB database drugbank database + pharmGKB database --> "drugbank_pharmgkb_merged.rdf"

Στο reactome.py:

"drugbank_pharmgkb_merged.rdf" + “Homo_sapiens.owl” --> ”reactome_output.rdf”

Στο mergeAndSplit.py:

“drugbank_pharmgkb_merged.rdf" + “reactome_output.rdf” -->

• "fully_merged.rdf"
• "ontology_train.owl"
• "ontology_valid.owl"
• "ontology_test.owl"
• "ontology_train_pheno.owl"
• "onto_test_pheno.owl"

Εν τέλει το pathway embedding και η πρόβλεψη αρνητικών επιδράσεων φαρμάκων, γίνεται στο adr_prediction.py.

Αποτελέσματα:

Pathway embeddings με χρήση TSNE για προβολή τους σε 2D: \

EL Μοντέλο:

\

TransE Μοντέλο:

\

OPA2VEC Μοντέλο:

Αρχεία txt με τα αποτελέσματα προβλέψεων για κάθε μοντέλο παράγονται στο "/results" directory