Tradução e modificação do material associado a programmingforbiology.org, associado a disciplina "CEN0336 - Introdução a Programação de Computadores Aplicada a Ciências Biológicas"
Criador e Instrutor da versão em Português Diego M. Riaño-Pachón
Criadores do material na versão em Inglês Simon Prochnik Sofia Robb
- Panorama geral
- Unix
- Unix 1
- Panorama de Unix
- O básico
- Formas de acessar o terminal do Linux
- OK. Estou no terminal. E agora?
- Prompt da linha de comandos
- Executando comandos
- Edição da linha de comandos
- Curingas
- Lar doce lar
- Conhecendo o sistema de arquivos
- Comandos essenciais de Unix
- Obtendo informação dos comandos
- Encontrando quais comandos estão disponíveis no seu computador
- Argumentos e switches na linha de comando
- Espaços e caracteres estranhos
- Comandos úteis
- Manipulando pastas
- Rede
- E/S padrão e redirecionamento
- Um exemplo simples
- Meta-caracteres de redirecionamento
- Filtros, Nomes de arquivos, e entrada padrão
- E/S Padrão e Tubos
- Mais Exemplos de Encadeamento de Comandos (Pipes)
- Mais Unix
- Link para o conjunto de problemas 1 de Unix
- Unix 2
- Git para iniciantes
- Unix 1
- Aulas de Python
- Python 1
- Python 2
- Python 3
- Sequências
- Quais funções vão com meu objeto?
- Strings
- Aspas
- Strings e a função print()
- Caracteres especiais e de escape
- Concatenação
- A diferença entre a string + e o integrador +
- Determinar a extensão de uma string
- Alterando o caso da string
- Encontrar e contar
- Substituir uma string com outra
- Extraindo um subtermo, ou separando
- Reverter uma string ou uma lista
- Outros métodos de string
- Formatação de string
- Link to Python 3 Problem Set
- Python 4
- Python 5
- Dicionário
- Criando um dicionário
- Acessando os valores do dicionário
- Mudando os valores de um dicionário
- Acessando cada chave/valor do dicionário
- Construir um dicionário uma chave/valor de cada vez
- Verificar se as Chaves do Dicionário Existem
- Operadores de dicionário
- Construindo um Dicionário um Par de Chave/Valor de Cada Vez Usando um Loop
- Ordenando chavesd de dicionários
- Função do dicionário
- Métodos de dicionário
- Conjuntos
- Link para o Python 5 Problem Set
- Dicionário
- Python 6
- Python 7
- Expressões Regulares
- Caracteres Individuais
- Classes de Caracteres
- Âncoras
- Quantificadores
- Variáveis e Padrões
- Ou
- Subpadrões
- Usando Subpadrões Dentro da Correspondência de Expressão Regular
- Usando Subpadrões Fora da Expressão Regular
- Obtenha a posição do subpadrão com finditer()
- Subpadrões e Ganância
- Exemplo prático: Códons
- Verdade e correspondências de expressões regulares
- Usando expressões regulares em substituições
- Usando subpadrões na substituição
- Modificadores de opções de expressão regular
- Ferramentas de Expressões Regulares Úteis
- Link para o Python 7 Conjunto de Problemas
- Expressões Regulares
- Python 8
- Python 9
- Python 10
- Python 11
- Workshops
- BioPython -- Sofia Robb
- NGS -- Anoja Perera
- Sequence Homology -- Bill Pearson
- Genome Assembly -- Deb Triant
- Bioinformatics and Useful Tools -- Simon Prochnik
- STAR RNA Aligner -- Alex Dobin
- RNAseq -- Brian Haas
- Ethics and Responsibility in Bioinformatics -- Simon Prochnik
- GMOD -- Scott Cain
- Protein Function -- Huaiyu Mi
- Structural Variation -- Tomas Marques