feat: mille add --depth — サブディレクトリを個別レイヤーとして追加

[makinzm]

Summary

• mille add <path> --depth N でサブディレクトリを個別レイヤーとして複数追加
• mille init と同じ depth ベースのレイヤー検出（auto_detect_layer_depth + infer_layers）を再利用
• 重複するレイヤーはスキップ（--force で置換可能）
• depth なしの従来動作（単一レイヤー追加）は変更なし

使用例

mille add conf --depth 1     # conf/cloud, conf/executor 等を個別レイヤーに
mille add lib --depth 1      # lib/alpha, lib/beta 等を個別レイヤーに
mille add conf               # 従来通り conf を1レイヤーとして追加

変更ファイル

• src/presentation/cli/args.rs — --depth オプション追加
• src/runner.rs — scan_target_with_depth + 複数レイヤー追加ロジック
• tests/e2e_add.rs — depth 関連 E2E テスト 5件追加
• README.md — --depth ドキュメント追加
• docs/TODO.md — 実装状況更新

Test plan

• CLI args テスト: test_parse_add_with_depth
• E2E テスト 5件: depth_creates_multiple_layers, depth_preserves_existing_layers, depth_with_conflict_skips_overlapping, depth_with_force_replaces_overlapping, without_depth_unchanged
• 既存 E2E テスト 8件 全パス（後方互換性）
• cargo test 全テスト 0 FAILED
• cargo clippy -- -D warnings パス

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