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s-okugawa edited this page Jan 9, 2019 · 22 revisions

This is a implementation of High Dimensional Neural Network Potential (HDNNP) designed to reproduce Density Function Theory (DFT) calculation effectively with high flexibility, reactivity.
本プログラムはDensity Function Theory (DFT)計算を高い適用性、反応性を有しつつも効率良く実行させるために、High Dimensional Neural Network Potential (HDNNP)手法を適用したものである。


Part I: Preparing Environment (環境構築)

  1. Install Pyenv
    -- Pyenvをインストール --
  2. Install Python on Pyenv
    -- Pyenv仮想環境にPythonをインストール --
  3. Install necessary packages and Build hdnnpy
    -- 必要なパッケージをインストールしhdnnpyをビルド --
    (3-1) Install by Pipenv => Recommended
    ---- Pipenvによるインストール(推奨) ----
    (3-2) Manual install by Pip
    ---- Pipによるマニュアルインストール ----
  4. Appendix (補足)

Part II: Running hdnnpy (hdnnpyの実行)

hdnnpy has 3 running mode : Train/Predict/Convert
-- hdnnpyには3つの実行モード(Train/Predict/Convert)あり --

  1. Train (学習)
    [Train a HDNNP to optimize energies and/or forces]
    -- [エネルギー and/or 力を最適化するHDNNPの学習] --
    Step-1. Pre-processing: Prepare XYZ file
    -- 事前処理:XYZファイルの準備 --
    Step-2. Edit training_config.py
    -- training_config.pyの編集 --
    Step-3. Run hdnnpy train
    -- hdnnpy trainの実行 --

  2. Predict (予測)
    [Predict energies and/or forces for atomic structures using trained HDNNP]
    -- [学習されたHDNNPを使用した原子構造に対するエネルギー and/or 力の予測] --
    Step-1. Edit prediction_config.py
    -- prediction_config.pyの編集 --
    Step-2. Run hdnnpy predict
    -- hdnnpy predictの実行 --

  3. Convert (変換)
    [Convert output file of training to specific format file]
    -- [Trainingの出力ファイルを特定フォーマットのファイルに変換]--
    Step-1. Run hdnnpy convert
    -- hdnnpy convertの実行 --

  4. Appendix (補足)

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