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Commit 5775fd6

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‎bio2zarr/cli.py‎

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -562,8 +562,8 @@ def convert_plink(
562562
):
563563
"""
564564
Convert plink fileset to VCF Zarr. Results are equivalent to
565-
`plink1.9 --bfile prefix --recode vcf-iid --out tmp` then running
566-
`vcf2zarr convert tmp.vcf zarr_path`
565+
`plink1.9 --bfile prefix --keep-allele-order --recode vcf-iid --out tmp`
566+
then running `vcf2zarr convert tmp.vcf zarr_path`
567567
"""
568568
setup_logging(verbose)
569569
plink.convert(

‎bio2zarr/plink.py‎

Lines changed: 1 addition & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -86,7 +86,7 @@ def iter_alleles_and_genotypes(self, start, stop, shape, num_alleles):
8686
gt[:] = 0
8787
gt[bed_chunk[i] == -127] = -1
8888
gt[bed_chunk[i] == 2] = 1
89-
gt[bed_chunk[i] == 1, 0] = 1
89+
gt[bed_chunk[i] == 1, 1] = 1
9090

9191
# rlen is the length of the REF in PLINK as there's no END annotations
9292
yield vcz.VariantData(len(alleles[0]), alleles, gt, phased)

‎tests/data/plink/plink_sim_10s_100v_10pmiss.vcf‎

Lines changed: 57 additions & 57 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -5,103 +5,103 @@
55
##INFO=<ID=PR,Number=0,Type=Flag,Description="Provisional reference allele, may not be based on real reference genome">
66
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
77
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 000 001 002 003 004 005 006 007 008 009
8-
1 1 1:1:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0
8+
1 1 1:1:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1
99
1 2 1:2:ACT:G ACT G . . PR GT 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1
10-
1 3 1:3:ACT:G G ACT . . PR GT 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1
11-
1 4 1:4:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 0/1 ./. 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1
10+
1 3 1:3:ACT:G ACT G . . PR GT 0/1 ./. 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1
11+
1 4 1:4:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 0/1 ./. 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1
1212
1 5 1:5:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT ./. 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 0/0 0/1 0/0
13-
1 6 1:6:ACT:G G ACT . . PR GT 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0
13+
1 6 1:6:ACT:G ACT G . . PR GT 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1
1414
1 7 1:7:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 ./. 0/0
15-
1 8 1:8:T:GTGG GTGG T . . PR GT ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/0
16-
1 9 1:9:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0
17-
1 10 1:10:A:C C A . . PR GT 0/1 ./. 0/1 0/1 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0
18-
1 11 1:11:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 ./. 0/0 ./.
19-
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20-
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21-
1 14 1:14:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 0/1 ./. ./.
22-
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16+
1 9 1:9:T:GTGG T GTGG . . PR GT 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 ./. 1/1 1/1
17+
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19+
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20+
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21+
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22+
1 15 1:15:ACT:G ACT G . . PR GT 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1
2323
1 16 1:16:A:C A C . . PR GT 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
24-
1 17 1:17:ACT:G G ACT . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 ./. 0/0 0/0
25-
1 18 1:18:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
26-
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24+
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25+
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26+
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30-
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33+
1 26 1:26:ACT:G ACT G . . PR GT 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 ./. 1/1 0/1 0/1 1/1
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47+
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1 46 1:46:ACT:G ACT G . . PR GT 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1
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60-
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60+
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62-
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62+
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63+
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68+
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6969
1 62 1:62:A:C A C . . PR GT 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 ./.
70-
1 63 1:63:G:CGCGCG CGCGCG G . . PR GT 0/1 ./. 1/1 0/0 0/1 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0
71-
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72-
1 65 1:65:T:GTGG GTGG T . . PR GT 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0
70+
1 63 1:63:G:CGCGCG G CGCGCG . . PR GT 0/1 ./. 0/0 1/1 0/1 ./. 0/1 1/1 0/1 1/1
71+
1 64 1:64:T:GTGG T GTGG . . PR GT 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1
72+
1 65 1:65:T:GTGG T GTGG . . PR GT 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1
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