Add complete list of supported bioformats filetypes

pims/bioformats.py

@@ -309,8 +309,12 @@ class BioformatsReader(FramesSequenceND):
     """
     @classmethod
     def class_exts(cls):
-        return {'lsm', 'ipl', 'dm3', 'seq', 'nd2', 'ics', 'ids',
-                'ipw', 'tif', 'tiff', 'jpg', 'bmp', 'lif', 'lei'}
+        # List of supported bioformats filetypes is in bioformats_filetypes.txt
+        # https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.7.1/supported-formats.html
+        with open('bioformats_filetypes.txt') as f:
+            extensions = f.read().split('\n')
+        extensions = set([ext[1:] for ext in extensions if ext])
+        return extensions
 
     class_priority = 2
     propagate_attrs = ['frame_shape', 'pixel_type', 'metadata',

pims/bioformats_filetypes.txt

@@ -0,0 +1,165 @@
+.1sc
+.2fl
+.acff
+.afi
+.afm
+.aim
+.al3d
+.am
+.amiramesh
+.apl
+.arf
+.avi
+.bin
+.bip
+.bmp
+.btf
+.c01
+.cfg
+.ch5
+.cif
+.cr2
+.crw
+.csv
+.cxd
+.czi
+.dat
+.dcm
+.dib
+.dicom
+.dm2
+.dm3
+.dm4
+.dti
+.dv
+.eps
+.epsi
+.exp
+.fdf
+.fff
+.ffr
+.fits
+.flex
+.fli
+.frm
+.gel
+.gif
+.grey
+.hdf
+.hdr
+.hed
+.his
+.htd
+.html
+.hx
+.i2i
+.ics
+.ids
+.im3
+.img
+.ims
+.inr
+.ipl
+.ipm
+.ipw
+.jp2
+.jpg
+.jpk
+.jpx
+.l2d
+.labels
+.lei
+.lif
+.liff
+.lim
+.lms
+.lsm
+.mdb
+.mea
+.mnc
+.mng
+.mod
+.mov
+.mrc
+.mrw
+.msr
+.mtb
+.mvd2
+.naf
+.nd
+.nd2
+.ndpi
+.ndpis
+.nef
+.nhdr
+.nii
+.nii.gz
+.nrrd
+.obf
+.obsep
+.oib
+.oif
+.oir
+.ome
+.ome.btf
+.ome.tf2
+.ome.tf8
+.ome.tif
+.ome.tiff
+.ome.xml
+.par
+.pbm
+.pcoraw
+.pcx
+.pds
+.pgm
+.pic
+.pict
+.png
+.pnl
+.ppm
+.pr3
+.ps
+.psd
+.r3d
+.raw
+.rec
+.res
+.scn
+.sdt
+.seq
+.sif
+.sld
+.sm2
+.sm3
+.spc
+.spe
+.spi
+.stk
+.stp
+.svs
+.sxm
+.tf2
+.tf8
+.tfr
+.tga
+.tif
+.tiff
+.tnb
+.top
+.txt
+.v
+.vms
+.vsi
+.vws
+.wat
+.wlz
+.xdce
+.xml
+.xqd
+.xqf
+.xv
+.xys
+.zfp
+.zfr
+.zvi