guoyi.run

一步最大简约法系统发育分析的 TNT 脚本

使用方法

如果你使用了此脚本，必须引用本脚本，并引用 TNT。同时，恳请在致谢中致谢张国一 (Guoyi Zhang) 。本脚本遵循 MIT 许可协议。

Zhang G. guoyi.run: One-step TNT script for maximum parsimony phylogenetic analysis. Zootaxa 5642(1): 96–98. https://doi.org/10.11646/zootaxa.5642.1.10

扩展的隐式加权（eiw 默认，K 值=12）、普通隐式加权（iw K=12）或等权加权（ew）。
树搜索方式：
- 隐式枚举（ntax ≤ 20，但不适用于 eiw）
- TBR Mult（迭代 1000 次，适用于 20 < ntax < 75，也适用于 ntax ≤ 20 且加权方式为 eiw）
- Mult + Xmult（适用于 ntax ≥ 75，使用随机区段搜索，生成 50 次最优树，10 轮漂移、棘轮和融合）
支持生成严格共识树 / 多数规则共识树（不含 Bremer 支持以及其变体）/ 半严格共识树（不含 Bremer 支持以及其变体）
可计算相对 Bremer 支持、jackknife（1000 次）、bootstrap（1000 次）与对称重抽样（1000 次）
可在共识树上映射衍征性状（apomorphic characters）
可计算 TL（树长）、CI（一致性指数）、RI（保留指数）

Windows 用户使用：

tnt run guoyi.run filename datatype weight 0/K cons resample prefix;

Linux 和 Mac 用户使用：

tnt run guoyi.run filename datatype weight 0/K cons resample prefix par,

说明如下：

datatype 可选 32、dna、prot、num 或其他 TNT 支持的类型
- num：数值数据，dna：DNA，prot：蛋白质，32：最大支持种类（默认）
weight 可选 iw、ew、eiw
- iw：隐式加权，ew：等权加权，eiw：扩展隐式加权（默认）
- 注意：ew 后必须跟 0（K 值位置）
K 值默认为 12，参考 Goloboff et al. 2017（Cladistics 34: 407–437）
- 必须大于 0
cons 合意树方式可选 str、mjr、hlf
- str：严格合意（默认），mjr：多数规则，hlf：半严格
resample 为数字之和，表示要进行哪些抽样支持计算：
- 相对 Bremer 支持（rbrs）= 0.1
- Bremer 支持（brs）= 0.2
- Jackknife（jak）= 1
- Bootstrap（boot）= 2
- 对称重抽样（sym）= 4 示例：jak + boot + sym = 7（默认值）
- 注意：涉及 Bremer 的支持可能会改变树拓扑，请谨慎使用
prefix 可以为空或任意字符串（默认为空）
par：可选，表示并行计算，适用于 Linux 和 Mac 用户
- 需确保你的 pvm 系统配置正确
- 若不使用并行计算，请省略此参数

所有输出说明可在 tnt.log 文件末尾查看。
*.tre：含物种名称的树；*_no.tre：不含物种名称的树。
*.tnt.tre：可直接由 TNT 或 WinClada 读取。
*.ctf：只能用 TNT 通过 shortread 命令读取。
*.svg：树图文件，可用 Inkscape 编辑。
original*：原始共识树。
apo.tre：映射了衍征性状的树。
resample.tre：带支持值的共识树，可经 tnt2figtree 处理后由 FigTree 打开。
trees*.tre：最简约树（MPTs），经 tnt2figtree 处理后可用 FigTree 打开。
resample/apo.log：树标签信息。
eiw.log：性状凹度信息。
homo.log：所有性状的趋同信息。
report.log：含 CI、RI、TL 报告。
winclada.ss：包含数据矩阵和共识树，可直接由 WinClada 打开。
winclada.tre：经 tnt2winclada 处理后生成，配合 TNT 矩阵文件 filename 可在 WinClada 中进行性状映射和趋同分析。（建议直接使用 winclada.ss）

QQ 群 118094340 加入请说明哪里看到的信息