mRNA_II (mRNA 2.0)

介绍

Kaggle competition: COVID-19 mRNA Vaccine Degradation Prediction

Kaggle竞赛：新冠mRNA疫苗降解预测

模型架构

• checkpoints: 保存模型训练权重的文件夹；已保存训练好的权重，使用者可自行训练保存
• data: 包含数据预处理的类和函数
• dataset: 保存的是数据集；训练集和验证集有真实标签，但测试集没有
• layers: 包含三种模型的layer定义：GCN、GAT、GatedGCN
• log: 保存log信息的文件夹；已保存训练过的信息，保存时文件名称会命名为当前时间
• nets: 包含三种模型的net定义：GCN、GAT、GatedGCN
• plat: 包含各种画图函数和类，可以对原数据画图展示
• test: 包含测试文件，通过读取checkpoints中保存的训练权重，对测试集中数据进行测试
• train: 包含训练函数和评价指标函数
• Config.py: 模型的参数设置文件
• main.py: 主函数

使用准备

• dgl>=0.4.2

1. Anaconda （版本最好不要太旧）
2. torch==1.6.0; torch_vision==0.7.0 及相关的包 （或者更高版本，可自行调试）
3. logging; pandas; spicy; networkx （版本自行调试）
4. 其他相关的包，可自行调试判断

使用说明

• 本代码仅供学习和学术研究下载

1. 安装指定的包
2. 克隆后将文件夹变为Sources Root类型
3. 使用Config.py对模型进行设置
4. 运行main.py，调试并训练
5. 使用plat文件中的函数对训练过程进行查看
6. 使用test文件中的read_checkpoint.py对训练效果查看

最优参数

• 模型名称: GatedGCN
• 使用碱基对: True
• 使用密码子: True
• 使用循环类型: True
• 使用位置编码: False 位置编码维度: 8
• init_lr: 0.001 weight_decay: 0.0001
• num_epoch: 100 batch_size: 16
• 使用损失函数类型: MCRMSE

参与贡献

Wang567