ae_table_grade(): show missing grades

[DanChaltiel]

library(grstat)
tm = grstat_example(p_na=0.10)
ae = tm$ae
enrolres = tm$enrolres

ae %>%
  filter(is.na(aegr) | aegr>2) %>%
  ae_table_grade(df_enrol=enrolres, arm="ARM") %>% 
  as_flextable()

^{Created on 2025-07-25 with reprex v2.1.1}

Second thought

Il faudrait sans doute repenser la fonction en entier :

• Duplication de "No declared AE" (importante uniquement pour que le total fasse 100% dans max)

• Repenser la déclaration des manquants :

  • Pour l'instant l'idée est de décrire les patients qui ont des AE, mais le garde manquant empêche de calculer les stats
  • On a donc "All missing" pour max et "Any missing" pour eq et sup

• L'utilisation de crosstable entraine un double calcul, la fonction est très lente ! 1s par tranches de 100 patients

Exemple

ae %>%
  filter(is.na(aegr) | aegr>2) %>%
  ae_table_grade(df_enrol=enrolres, arm="ARM",
                 na_strategy=list(display="always", grouped=TRUE)) %>% 
  as_flextable()

[Lpierott]

Brilliant, we had to do that! thanks.
on another note, I am not quite sure if the default table should have the three different type. I would say the default should be this one: variant="max" and the others sup and eq should be only optional. Should we ask that to the others too?

[Lpierott]

J ai teste ta function pour mes datas tout ce passe bien par contre moi je met variant==max

apres j ai teste ca
tm = grstat_example(p_na=0.10)
ae = tm$ae
enrolres = tm$enrolres

ae %>%
filter(is.na(aegr) | aegr>2) %>%
ae_table_grade(df_enrol=enrolres, arm="ARM") %>%
as_flextable()

et ca me donne ca : pas pareil que toi

Also I am not particularly fan of "Any missing grade" or/and "grade all missing". I believe "grade all missing" is for variant =max and it should be simply assign as NA. the others I am thinking it should be assign as NA too if not it is quite confusing. NA=Non applicable so that means when it is non applicable=NA

The second table , with a section only for missing values , i am less fan. What exaclty No declared AE means? Non applicable=NA?

My syntaxt is this one:
ae_table_grade(df_ae=ae_v2, df_enrol=res, arm=NULL) %>%
as_flextable(header_show_n=TRUE)
I still have the title tretment arm in the coumimn name, not sure if it should be there.

Assi je pense qu il serait important de ne pas compter les AE avant enrolment c a dire AESGO!=1. Parce que du coup t as function ne tient pas ca en compte ca et ca devrait je pense.

[DanChaltiel]

J ai teste ta function pour mes datas tout ce passe bien

Ce que tu décris, c'est le comportement standard de la fonction, non ?
Donc tout ne se passe pas bien vu que le but était de montrer les grades même s'ils sont absents 😅
Pour rappel, pour tester une branche, il faut la sélectionner dans GHDesktop puis faire Ctrl+Shift+L dans RStudio

Also I am not particularly fan of "Any missing grade" or/and "grade all missing".

Je ne comprends pas vraiment ce que tu dis dans ce paragraphe.
Ce n'est pas pareil de compter le nombre de patients qui ont tous les grades NA (donc on ne peut pas calculer le max) et le nombre de patients qui ont au moins un manquant (qu'il faut décrire aussi).
Est-ce que tu as testé l'exemple que je donne, avec l'argument na_strategy ?

Aussi je pense qu il serait important de ne pas compter les AE avant enrolment c a dire AESGO!=1.

Tout à fait d'accord avec toi, mais je pense que c'est à l'utilisateur de filtrer sa table ae en amont.
Sinon ça voudrait dire qu'il faudrait ajouter un énième argument pour renseigner la colonne, genre ongoing="AESGO".
Sachant que certains stats veulent que ces AE apparaissent dans les tables...